ก่อนที่จะเริ่มทำงานในภาคการเมือง โดยเมื่อวันที่ 15 มกราคม 2559 ได้รับแต่งตั้งเป็น ผู้ช่วยรัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรีด้านเศรษฐกิจ[1]เพื่อช่วยในการแก้ไขปัญหาและปฏิรูปเปลี่ยนแปลงเศรษฐกิจไทยในด้านต่างๆ ต่อมาในวันที่ 23 พฤศจิกายน 2560 ได้รับการแต่งตั้งเป็นรัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรี[2]

กอบศักดิ์ เคยเป็นผู้ประสานงานคณะรัฐมนตรีและรัฐสภาของรองนายกรัฐมนตรี (สมคิด จาตุศรีพิทักษ์) ประธานกรรมการในคณะกรรมการขับเคลื่อนมาตรการบริหารเศรษฐกิจ[3] กรรมการและเลขานุการในคณะกรรมการรัฐมนตรีฝ่ายเศรษฐกิจ ที่ปรึกษาและกรรมการในคณะกรรมการประสานงานสภาผู้แทนราษฎร (วิปรัฐบาล) อดีตกรรมการในคณะกรรมการนโยบายพลังงานแห่งชาติ[4] อดีตประธานคณะกรรมการขับเคลื่อนการปฏิรูป อดีตกรรมการในคณะกรรมการปฏิรูปประเทศด้านเศรษฐกิจ [5] อดีตกรรมการในคณะกรรมการจัดทำยุทธศาสตร์ชาติด้านการสร้างความสามารถในการแข่งขัน[6] กรรมการในคณะกรรมการดำเนินการปฏิรูปกฎหมายระยะเร่งด่วน รองประธานกรรมการในคณะกรรมการบริหารโครงการจัดตั้งสถาบันไทยโคเซ็น นอกจากนี้ ยังเคยดำรงตำแหน่ง สมาชิกสภาขับเคลื่อนการปฏิรูปประเทศ กรรมาธิการยกร่างรัฐธรรมนูญ[7] สมาชิกสภาปฏิรูปแห่งชาติ กรรมการผู้ทรงคุณวุฒิด้านเศรษฐกิจ การเงิน การคลัง ธุรกิจ และการบริการในคณะกรรมการสภาการศึกษา[8]