ในด้านวิชาการ ดร.กอบศักดิ์ ได้ผลิตผลงานการศึกษาด้านต่างๆ ออกมาอย่างต่อเนื่อง ทั้งนี้ วันที่ 9 มีนาคม 2552 ได้รับรางวัล ป๋วย อึ๊งภากรณ์ สำหรับนักเศรษฐศาสตร์รุ่นใหม่ที่มีผลงานดีเด่น ประจำปี 2552 จากสถาบันป๋วย อึ๊งภากรณ์ สถาบันทางวิชาการเศรษฐศาสตร์ 7 สถาบัน และกองทุนป๋วย อึ๊งภากรณ์ มูลนิธิ 50 ปี ธนาคารแห่งประเทศไทย โดย คำประกาศเกียรติคุณของคณะกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิ กลั่นกรองผลงานวิชาการในการมอบรางวัล เขียนไว้ว่า

ดร.กอบศักดิ์ ภูตระกูล เป็นนักเศรษฐศาสตร์รุ่นใหม่ซึ่งมีความแม่นยำและความลุ่มลึกในทฤษฎีเศรษฐศาสตร์ มีความรัดกุมในวิธีวิทยา ตลอดจนมีความสามารถในการประยุกต์ใช้วิธีการทางเทคนิคในการทดสอบแนวคิดทางทฤษฎีต่างๆ ได้อย่างเหมาะสมไม่ฟุ่มเฟื่อย และมีความโดดเด่นที่สามารถตีความข้อมูลเชิงประจักษ์ที่คุ้นเคยให้เกิดมุมมองใหม่ที่น่าสนใจและเข้าใจได้ง่าย งานวิชาการของ ดร. กอบศักดิ์ หลายชิ้นสามารถก่อให้เกิดการถกเถียงและเปิดประเด็นให้เกิดการศึกษาวิจัยสื่บเนื่องอย่างกว้างขวาง
ผลงานวิชาการคุณภาพสูงจำนวนมากของ ดร. กอบศักดิ์ ได้แสดงให้เห็นถึงฉันทะทางวิชาการและความสนใจในการศึกษาวิจัยในเรื่องต่างๆ ที่หลากหลาย ครอบคลุมปริมณฑลทางวิชาการอย่างกว้างขวาง ทั้งเรื่องนโยบายการเงิน การออม สินเชื่อ ทุนมนุษย์ การประกันสังคม และการค้าระหว่างประเทศ โดยทุกเรื่องล้วนมีนัยทางนโยบายต่อการพัฒนาประเทศไทย...

ต่อมา ในวันที่ 7 กรกฎาคม 2553 ได้รับทุนพระองค์เจ้าวิวัฒนไชย จากมูลนิธิ 50 ปี ธปท. เพื่อทำการศึกษาวิจัยเรื่อง "ปัญหาการกระจายรายได้ในไทยและทางออก" ซึ่งบทวิจัยนี้ได้เป็นพื้นฐานเชิงวิชาการสำคัญ ในการกำหนดนโยบายของภาครัฐ เพื่อช่วยลดความเหลื่อมล้ำ และแก้ไขปัญหาความยากจนของประเทศ