โครงการ GNOME เริ่มขึ้นในเดือนสิงหาคม ค.ศ. 1997 โดย Miguel de Icaza และ Federico Mena เพื่อเป็นทางเลือกของระบบเดสก์ท็อป KDE เนื่องจากว่าโครงการ KDE ในขณะนั้นได้พัฒนาบน widget toolkit ชื่อ Qt ซึ่งขณะนั้นไม่ได้เป็นซอฟต์แวร์เสรี[2]

GNOME เลือกใช้ widget toolkit ชื่อ GTK+ ซึ่งใช้สัญญาอนุญาตแบบ GNU Lesser Public License (LGPL) ดังนั้น GNOME จึงมีสัญญาอนุญาตใช้งาน 2 แบบคือ LGPL สำหรับไลบรารีต่างๆ และ GPL สำหรับระดับแอปพลิเคชัน

เดิมที GNOME ย่อมาจาก 'ภูติแคระ' ซึ่ง Elliot Lee ผู้คิดชื่อนี้ต้องการให้ GNOME มีลักษณะเป็นเฟรมเวิร์คแบบ distributed object เช่นเดียวกับ OLE[3] ของไมโครซอฟท์ ปัจจุบันโครงสร้างของ GNOME ไม่ได้ใช้แนวคิดนี้แล้ว ชื่อเต็มของโครงการจึงถูกเลิกใช้ไป สมาชิกบางคนของโครงการได้เปลี่ยนวิธีเขียนชื่อจาก GNOME มาเป็น Gnome แทน[4]