กันดั้มซี้ดเดสทินี เป็นการ์ตูนญี่ปุ่น 1 ในซีรีส์กันดั้ม ที่ถูกสร้างขึ้นเป็นภาคต่อของกันดั้มซี้ด เริ่มออกอากาศที่ประเทศญี่ปุ่น ทุกวันเสาร์ เวลา 18.00-18.30 น. ตั้งแต่วันที่ 9 ตุลาคม ค.ศ. 2004 (บางท้องถิ่นเป็นวันที่ 16 ตุลาคม) ถึง 1 ตุลาคม ค.ศ. 2005 (บางท้องถิ่นเป็นวันที่ 8 ตุลาคม) ทางสถานี TBS รวมความยาวทั้งสิ้น 50 ตอนในประเทศไทย กันดั้มซี้ดเดสทินี ไม่ได้ออกอากาศทางฟรีทีวี แต่เพิ่งได้ออกกอากาศทาง ทรูสปาร์กในช่วงปลายปี 2550 ค.ศ. 2007 โดยออกอากาศครบตามจำนวนตอนปกติเหมือนครั้งออกอากาศทางญี่ปุ่น และในปี 2553 ได้กลับมาออกอากาศในรายการการ์ตูนทางทีวีช่อง 5 อีกครั้ง ส่วนรูปแบบ วีซีดี และ ดีวีดี เป็นลิขสิทธิ์ของบริษัท DEX ซึ่งในรูปแบบ ดีวีดี แผ่นสุดท้ายได้มีตอนพิเศษแถมมาให้ซึ่งก็คือเนื้อเรื่องตอนที่ 50 นำมาดัดแปลงบางส่วนของตอนจบให้ต่างจากของต้นฉบับเดิม อนึ่ง กันดั้มซี้ดเดสทินี เป็นอะนิเมะเรื่องแรกๆ ของประเทศไทยที่มีการออกวางจำหน่ายวีซีดีในช่วงเวลาที่ญี่ปุ่นยังคงออกอากาศต่อเนื่องอยู่