ดร.กันตธีร์ ศุภมงคล เกิดเมื่อวันที่ 3 เมษายน พ.ศ. 2495[1] ที่เขตวัฒนา กรุงเทพมหานคร เป็นบุตรของนายกนต์ธีร์ ศุภมงคล อดีตเอกอัคราชทูตไทยประจำกรุงลอนดอน,อดีตที่ปรึกษานายกรัฐมนตรี (จอมพลถนอม กิตติขจร)[2] กับคุณหญิงดุษฎี ศุภมงคล (อรรถกระวีสุนทร) สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรี สาขารัฐศาสตร์ จากมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย ลอสแอนเจลิส เมื่อปี พ.ศ. 2519 ระดับปริญญาโท สาขาความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ จากมหาวิทยาลัยอเมริกัน (AU) ปี พ.ศ. 2520 และปริญญาเอก สาขาความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ จากมหาวิทยาลัยเซาเทิร์นแคลิฟอร์เนีย ในปี พ.ศ. 2527