เขมรแดงต้องการลดจำนวนชาวจีน ชาวเวียดนามและชาวจามในกัมพูชา รวมทั้งชนกลุ่มน้อยๆอื่นๆอีกกว่าสิบเผ่าซึ่งคิดเป็นประชากรร้อยละ 15 ของกัมพูชา[9] ชาวเวียดนามส่วนใหญ่ถูกฆ่า ที่เหลือรอดมาได้คือผู้ที่อพยพเข้าสู่เวียดนาม ชาวจามซึ่งเป็นมุสลิมที่เหลือรอดหลังการล่มสลายของอาณาจักรจามปาถูกบังคับให้พูดภาษาเขมร ให้แต่งกายตามแบบของชาวเขมร หมู่บ้านของพวกเขาที่อยู่ต่างหากจากชาวเขมรถูกทำลาย เฉพาะชาวจามในจังหวัดกำปงจามถูกฆ่าไปราวสี่หมื่นคน ชนกลุ่มน้อยที่อาศัยตามแนวชายแดนไทยได้อพยพเข้าสู่ประเทศไทย

ชาวจีนในกัมพูชาเป็นอีกกลุ่มหนึ่งที่ถูกเขมรแดงสังหาร และ ชาวกัมพูชาเชื้อสายจีนที่เป็นพ่อค้าถูกเขมรแดงสังหารไปเป็นจำนวนมาก[10] ชาวกัมพูชาเชื้อสายจีนเมื่อสิ้นสุดสมัยสาธารณรัฐเขมร พ.ศ. 2518 มีประมาณ 425,000 คน แต่เมื่อสิ้นปี พ.ศ. 2522 เหลืออยู่เพียงประมาณ 200,000 คน

สำหรับนโยบายของเขมรแดงต่อชนเผ่าต่างๆ ทางตะวันออกเฉียงเหนือของกัมพูชาที่เรียกว่า ชาวเขมรบน หรือ ขะแมร์เลอ นั้นมีน้อยมาก เพราะ พล พต เคยอาศัยพื้นที่ของชนเผ่าต่างๆในจังหวัดรัตนคีรีเป็นที่ตั้งมาก่อน และมีสมาชิกพรรคหลายคน แต่งงานกับหญิงชาวเขมรบนเหล่านี้