แม้ว่าในมาตรา 20 ของรัฐธรรมนูญกัมพูชาประชาธิปไตยรับรองเสรีภาพในการนับถือศาสนา แต่ก็มีการประกาศห้ามการนับถือศาสนาทุกศาสนา ประชากรประมาณร้อยละ 85 นับถือพุทธศาสนานิกายเถรวาท มีพระภิกษุ 40,000 - 60,000 รูป พระภิกษุถูกกล่าวหาว่าเป็นปรสิตของสังคมถูกบังคับให้สึกและออกไปใช้แรงงาน พระภิกษุที่ไม่ยอมสึกถูกประหารชีวิต วัดถูกเปลี่ยนเป็นยุ้งฉาง พระพุทธรูปถูกทำลายและนำไปทิ้งน้ำ ประชาชนที่สวดมนต์หรือปฏิบัติศาสนกิจถูกฆ่า

ผู้นับถือศาสนาคริสต์และศาสนาอิสลามถูกกล่าวหาว่าเป็นพวกนิยมตะวันตก โบสถ์นิกายโรมันคาทอลิกในพนมเปญถูกสั่งปิด ชาวมุสลิมถูกบังคับให้รับประทานหมูที่เป็นหะรอม ผู้ไม่ทำตามถูกฆ่า บาทหลวงและอิหม่ามถูกนำไปตัวไปประหารชีวิต