การปกครองระยะแรก

การปกครองกัมพูชาในช่วงแรกของฝรั่งเศส (พ.ศ. 2406 - 2427) ฝรั่งเศสไม่ได้เข้ามาแทรกแซงกิจการภายในกัมพูชามากนัก บทบาทในช่วงนี้ของฝรั่งเศสได้สนับสนุนให้สถานะของกษัตริย์มั่นคงขึ้น เช่นการปราบกบฏสวาระหว่างพ.ศ. 2408 - 2410 และการปราบกบฏชาวนาที่นำโดยพูกอมโบเมื่อ พ.ศ. 2410 ในช่วงนี้ ฝรั่งเศสควบคุมด้านการทหาร การต่างประเทศ และการคลังเป็นหลัก นอกจากนั้นได้แต่งตั้งให้พระสีสุวัตถ์ที่เคยมีข้อขัดแย้งกับพระนโรดมก่อนขึ้นครองราชย์ให้เป็นอุปราชของกัมพูชา และปี พ.ศ. 2409 ภายใต้คำปรึกษาของฝรั่งเศสของพระบาทสมเด็จพระนโรดมจึงได้ทรงมีพระราชดำริให้ย้ายราชธานีจากกรุงอุดงมีชัยมาที่กรุงพนมเปญเป็นเมืองหลวงของประเทศอีกครั้งทำให้กรุงพนมเปญเป็นเมืองหลวงนับแต่นั้นเป็นต้นมา สิ้นสุดยุคสมัยอุดงที่ดำเนินมาหลายร้อยปี

หลัง พ.ศ. 2426 ซึ่งฝรั่งเศสยึดครองเวียดนามได้อย่างสมบูรณ์ ทำให้ฝรั่งเศสเปลี่ยนนโยบายในการปกครองกัมพูชา เริ่มจาก พ.ศ. 2427 ข้าหลวงทอมสันเสนอให้มีการปฏิรูปในกัมพูชาครั้งใหญ่ ทั้งด้านการเก็บภาษี การตำรวจและการยกเลิกระบบไพร่ทาส แต่พระนโรดมไม่ให้ความร่วมมือ พยายามร้องเรียนไปยังรัฐบาลฝรั่งเศส จนข้าหลวงทอมสันนำเรือปืนเข้ามาทอดสมอริมพระราชวังและข่มขู่ให้พระนโรดมลงพระนามาภิไธย[3] พระนโรดมจึงทรงลงพระนามาภิไธยเมื่อ 17 มิถุนายน พ.ศ. 2427

การต่อต้านฝรั่งเศส พ.ศ. 2427 - 2430

ผลที่เกิดมาตามจากการบังคับให้ปฏิรูปของฝรั่งเศสคือการเกิดกบฏชาวนาภายในประเทศ องค์พระสีวัตถากลับมาเป็นผู้นำกบฏที่มีฐานที่มั่นทางตะวันออกของกัมพูชา ฝรั่งเศสได้ส่งกำลังทหารเข้าปราบปรามกบฏและตั้งข้อสงสัยพระนโรดมอยู่เบื้องหลังการก่อกบฏครั้งนี้ ผลจากการปราบปรามทำให้ชาวกัมพูชาอพยพเข้าพระตะบองที่ยังอยู่ภายใต้การปกครองของสยามกว่า 40,000 คน การกบฏกินระยะเวลากว่าสองปี ยุติลงเมื่อข้าหลวงคนใหม่คือฟิลิปินีเข้าเจรจากับพระนโรดมให้ยุติการกบฏภายใน 1 มกราคม พ.ศ. 2430 โดยฝรั่งเศสจะชะลอการปฏิรูประบบไพร่ทาส พระนโรดมจึงออกประกาศเรียกร้องให้ยุติการกบฏและประกาศนิรโทษกรรม องค์พระสีวัตถาหนีเข้าไปอยู่ที่แม่น้ำโขงตามแนวชายแดนกัมพูชา - ลาว การกบฏจึงสิ้นสุดลง

การรวมเข้ากับสหภาพอินโดจีนและลิดรอนอำนาจของกษัตริย์

ฝรั่งเศสจัดตั้งสหภาพอินโดจีนขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2430 โดยให้ขึ้นกับกระทรวงอาณานิคม ข้าหลวงใหญ่ประจำสหภาพอินโดจีนประจำที่ฮานอย ส่วนกัมพูชาเป็นรัฐในอารักขาจึงมีผู้ว่าการสูงสุดเป็นตัวแทนของฝรั่งเศส

เมื่อพระนโรดมประชวรหนักเมื่อ พ.ศ. 2440 ขณะมีพระชนม์ได้ 61 พรรษา ฝรั่งเศสเตรียมการสถาปนาพระสีสุวัตถ์เป็นกษัตริย์โดยให้พระองค์ยอมมอบอำนาจการบริหารทั้งหมดให้ฝรั่งเศส อย่างไรก็ตาม เมื่อพระนโรดมหายประชวร ไม่ได้สวรรคตอย่างที่คาด ฝรั่งเศสจึงบังคับให้พระองค์ออกพระราชบัญญัติลงวันที่ 11 กรกฎาคม พ.ศ. 2440 เพื่อปฏิรูปการปกครอง ได้แก่การให้สิทธิประชาชนครอบครองทรัพย์สิน และกำหนดให้กฎหมายที่ใช้บังคับได้ต้องมีผู้ว่าการสูงสุดของฝรั่งเศสลงนาม

ในพ.ศ. 2443 พระองค์ยุคนธร โอรสของพระนโรดมเดินทางไปฝรั่งเศสเพื่อเปิดเผยความไม่ยุติธรรมของฝรั่งเศสให้สื่อมวลชนทราบและเรียกร้องการปกครองตนเอง ผลคือพระองค์ยุคนธรถูกถอดออกจากบรรดาศักดิ์ และต้องลี้ภัยในสยามตลอดชีวิต พระนโรดมสวรรคตเมื่อ 25 เมษายน พ.ศ. 2447 พระสีสุวัตถ์ขึ้นครองราชสมบัติขึ้นเป็นพระบาทสมเด็จพระสีสุวัตถิ์ และได้ลงนามมอบอำนาจการบริหารราชการแผ่นดินให้ฝรั่งเศสจนหมด กัมพูชาจึงกลายเป็นอาณานิคมของฝรั่งเศสอย่างสมบูรณ์