แนวคิดชาตินิยมของกัมพูชาต่างจากในเวียดนามที่นิ่งเงียบจนถึง พ.ศ. 2473 ซึ่งอาจเป็นเพราะยังมีกษัตริย์กัมพูชาครองราชย์อยู่ และการรู้หนังสือขอชาวกัมพูชาในเวลานั้นน้อยกว่าในเวียดนาม แนงคิดชาตินิยมกัมพูชาเกิดขึ้นในกลุ่มของชาวเมืองที่มีการศึกษา หลังจากที่มีการก่อตั้งโรงเรียนบาลีระดับมัธยมเมื่อ พ.ศ. 2457 ทำให้เกิดพระสงฆ์กลุ่มใหม่ซึ่งเป็นหัวก้าวหน้า นิยมการวิพากษ์วิจารณ์[3] การค้นพบนครวัดของฝรั่งเศสและมีการเผยแพร่ให้ชาวกัมพูชารับรู้ผ่านทางวารสารของพุทธศาสนบัณฑิตย์ซึ่งเป็นสมาคมที่ฝรั่งเศสสนับสนุนให้ตั้งขึ้นได้ทำให้ชาวกัมพูชาตื่นตัวถึงความยิ่งใหญ่ในอดีตของตนเอง สิ่งเหล่านี้ต่างล้วนส่งผลให้ลัทธิชาตินิยมของกัมพูชาเป็นรูปเป็นร่างขึ้น นักชาตินิยมในยุคแรก ๆ เป็นชาวขแมร์กรอม (เขมรต่ำ) ซึ่งเป็นชนกลุ่มน้อยในเวียดนาม เซิง งอกทัญ และแปช เชือน ออกหนังสือพิมพ์ภาษาเขมรฉบับแรกชื่อ “นครวัด” ซึ่งแสดงความกังวลเกี่ยวกับนโยบายของฝรั่งเศส การฉ้อราษฎร์บังหลวง ความยากลำบากในชนบท อิทธิพลของชาวต่างชาติด้านเศรษฐกิจ รวมทั้งแนวคิดของเวียดนามที่จะสร้างจักรวรรดินิยมในอินโดจีน

ระหว่างสงครามโลกครั้งที่สอง เมื่อมีการจัดตั้งรัฐบาลวิชีของฝรั่งเศสเมื่อ พ.ศ. 2483 กองทัพญี่ปุ่นได้เคลื่อนเข้าสู่เวียดนามและเข้าแทนที่การปกครองของฝรั่งเศส ช่วงกลางปี พ.ศ. 2484 กองทัพญี่ปุ่นเคลื่อนเข้าสู่กัมพูชาแต่ยอมให้รัฐบาลวิชีปกครองดังเดิม รัฐบาลไทยในสมัยจอมพล ป. พิบูลสงครามได้เรียกร้องดินแดนบางส่วนในลาวและกัมพูชาคืนจากฝรั่งเศสจนนำไปสู่กรณีพิพาทอินโดจีนฝรั่งเศสที่เริ่มขึ้นเมื่อ 19 ธันวาคม พ.ศ. 2484 ในที่สุด ญี่ปุ่นเข้ามาไกล่เกลี่ยโดยที่ไทยได้จังหวัดพระตะบอง เสียมราฐและบางส่วนของจังหวัดสตึงแตรง ยกเว้นปราสาทนครวัดยังอยู่ในเขตแดนของฝรั่งเศส แต่กรณีพิพาทนี้ ไม่ได้มีผลต่อชาวกัมพูชาที่อยู่ห่างไกลจากกรณีพิพาท

พระสีสุวัตถิ์ มุนีวงศ์กษัตริย์กัมพูชาสิ้นพระชนม์เมื่อ พ.ศ. 2484 แม้ว่าพระโอรสของพระองค์คือพระโมนิเชาจะมีสิทธิได้รับราชสมบัติ แต่ฝรั่งเศสกลับเลือกพระนโรดม สีหนุขึ้นเป็นกษัตริย์ทั้งที่ยังทรงพระเยาว์ ญี่ปุ่นได้เรียกร้องให้มีการจัดตั้งวงไพบูลย์แห่งมหาเอเชียบูรพาและสนับสนุนขบวนการชาตินิยมในกัมพูชา แม้ว่านโยบายของญี่ปุ่นจะยอมให้ฝรั่งเศสปกครองกัมพูชาต่อไป เมื่อพระภิกษุชาวกัมพูชา เฮม เชียวถูกฝ่ายฝรั่งเศสจับกุมเมื่อเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2485 หนังสือพิมพ์นครวัดเรียกร้องให้มีการปล่อยตัวทำให้แปต เชือนถูกจับ และเซิง งอกทัญลี้ภัยไปญี่ปุ่น

ต่อมา ญี่ปุ่นได้สลายการปกครองของฝรั่งเศสในกัมพูชาและสนับสนุนการจัดตั้งรัฐบาลหุ่นเชิดในวันที่ 9 มีนาคม พ.ศ. 2488 กัมพูชาได้ประกาศเอกราชภายใต้วงไพบูลย์แห่งมหาเอเชียบูรพาของญี่ปุ่น โดยมีพระนโรดม สีหนุเป็นประมุขรัฐ เซิง งอกทัญเดินทางกลับมากัมพูชาในเดือนพฤษภาคมและขึ้นเป็นนายกรัฐมนตรี หลังจากญี่ปุ่นยอมแพ้เมื่อเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2488 กองทัพฝ่ายสัมพันธมิตรได้เข้ามาในพนมเปญ เซิง งอกทัญถูกจับกุมตัวพร้อมทหารญี่ปุ่นจากนั้น จึงส่งไปกักตัวที่ฝรั่งเศส กลุ่มต่อต้านฝรั่งเศสจัดตั้งขบวนการเขมรอิสระและตั้งมั่นในบริเวณที่ยังอยู่ภายใต้การปกครองของไทย