การเดินทางทางน้ำมีบทบาทมากในประวัติศาสตร์กัมพูชา แม่น้ำโขงและทะเลสาบเขมรซึ่งมีคลองเชื่อมต่อมากมาย จัดว่ามีประโยชน์ในการคมนาคมมาก มีเรือเฟอร์รีให้บริการขนส่งระหว่างแม่น้ำบาสักกับแม่น้ำโขงช่วงกลาง

ท่าเรือ

ท่าเรือที่สำคัญของกัมพูชามีสองแห่งคือ ท่าเรือพนมเปญและท่าเรือเมืองพระสีหนุหรือท่าเรือกำปงโสม โดยท่าเรือพนมเปญอยู่ระหว่างจุดตัดระหว่างแม่น้ำโขง แม่น้ำบาสัก และแม่น้ำทะเลสาบ เป็นท่าเรือแม่น้ำที่มีความสำคัญในกัมพูชาทั้งระดับชาติและนานาชาติ ท่าเรือเมืองพระสีหนุเปิดใช้การใหม่อีกครั้งใน พ.ศ. 2522 โดยสร้างตั้งแต่ พ.ศ. 2503 ด้วยความช่วยเหลือจากฝรั่งเศส