เจ้าหน้าที่ขึ้นเรือและตรวจสอบเรือขณะที่กำลังเปิดให้เข้าชมแก่สาธารณะ เจ้าหน้าที่ DGSE คริสตีน กาบง (Christine Cabon) ซึ่งปลอมตัวเป็นนักสิ่งแวดล้อม อาสาสมัครกับสำนักงานกรีนพีซในออกแลนด์ กาบงเฝ้าจับตาการสื่อสารของเรนโบว์วอร์ริเออร์อย่างลับ ๆ รวบรวมแผนที่และตรวจสอบเครื่องมือใต้น้ำ เพื่อจัดหาข้อมูลที่จำเป็นต่อการจมเรือ หลังจากที่ได้เก็บรวบรวมข้อมูลที่จำเป็นแล้ว นักดำน้ำ DGSE สองคนใต้เรนโบว์วอร์ริเออร์แนบระเบิดหอยทาก (limpet mine) สองลูกและจุดระเบิดห่างกัน 10 นาที ระเบิดลูกแรกระเบิดขึ้นเมื่อเวลา 23.38 น. ทำให้เกิดรูขนาดใหญ่เทียบได้กับขนาดของรถทั่วไป เจ้าหน้าที่ตั้งใจจะให้ระเบิดลูกแรกทำให้เรือใช้การไม่ได้ เพื่อที่ทุกคนจะได้อพยพอย่างปลอดภัยลงจากเรือ เมื่อระเบิดลูกที่สองถูกจุดระเบิด อย่างไรก็ตาม ลูกเรือไม่ได้ตอบสนองต่อการระเบิดครั้งแรกอย่างที่เจ้าหน้าที่คาดหวัง ขณะที่มีการอพยพลงจากเรือในช่วงแรก ลูกเรือบางส่วนกลับขึ้นเรือมาเพื่อหาสาเหตุและถ่ายภาพความเสียหาย ช่างภาพชาวโปรตุเกส-ดัตช์ ฟืร์นังดู ปือไรรา กลับไปใต้ดาดฟ้าเรือเพื่อไปเอาเครื่องมือกล้องของเขา เมื่อเวลา 23.45 น. ระเบิดลูกที่สองระเบิดขึ้น ปือไรราจมน้ำเสียชีวิตหลังน้ำไหลเข้ามาในเรืออย่างรวดเร็ว และสมาชิกลูกเรือคนอื่นอีกสิบคนถูกอพยพอย่างปลอดภัยตามคำสั่งของกัปตันปีเตอร์ วิลคอกซ์ หรือถูกแรงระเบิดจนตกลงไปในน้ำโดยการระเบิดครั้งที่สอง เรนโบว์วอร์ริเออร์จมในอีกสี่นาทีต่อมา