การชันสูตรพลิกศพในประเทศไทยไม่ปรากฏหลักฐานทางประวัติศาสตร์มากนัก เท่าที่ปรากฏหลักฐานที่สามารถสืบค้นและตรวจสอบได้ในประเทศไทย สามารถเรียงลำดับตามเหตุการณ์ตามประวัติของการชันสูตรพลิกศพ โดยมีจุดเริ่มต้นเมื่อปี ร.ศ.116 หรือ พ.ศ. 2440 ประเทศไทยได้มีการประกาศใช้พระราชบัญญัติปกครองท้องที่ ร.ศ.116 มาตรา 47 ข้อ 1 ซึ่งมีข้อความว่า "ถ้าผู้ถูกกระทำร้ายจะทำการชันสูตรบาดแผลของตน เพื่อเป็นหลักฐานในทางความก็ตามหรือพรรคพวกผู้ตาย จะขอให้ชันสูตรศพเพื่อเป็นหลักฐานในเหตุความตายนั้นก็ตาม ทั้งนี้เป็นหน้าที่ของกรมการอำเภอ ที่จะทำการชันสูตรตามวิธีที่บังคับไว้ในกฎหมาย ถ้าการชันสูตรนั้นจะมาทำยังที่ว่าการอำเภอไม่ได้ กรมการอำเภอ ก็ต้องไปชันสูตรให้ถึงที่" ต่อมาภายหลังปี พ.ศ. 2441 หลังจากพระราชบัญญัติฉบับดังกล่าวประกาศใช้ได้เพียง 1 ปี กรมพลตระเวนซึ่งต่อมาคือกรมตำรวจหรือสำนักงานตำรวจแห่งชาติในปัจจุบัน ซึ่งมีเจ้ากรมคนแรกคือ นายอีริก เจ ลอว์สัน ชาวอังกฤษ ได้มองเห็นความสำคัญของการมีสถานที่รักษาพยาบาลเจ้าหน้าที่ตำรวจที่เจ็บป่วย พร้อมกับช่วยชันสูตรบาดแผล และชันสูตรศพ เพื่อประกอบการพิจารณาคดีต่าง ๆ ในด้านของตำรวจ จึงได้จัดตั้งสถานพยาบาลของตำรวจขึ้นที่ ตำบลพลับพลาไชย มีชื่อเรียกว่า "โรงพยาบาลวัดโคก"หรือโรงพยาบาลกลาง ในปัจจุบัน มีนายแพทย์ชาวต่างประเทศหลายคนมาช่วยดำเนินการ[3]

ต่อมาจึงมีนายแพทย์ชาวไทยที่สำเร็จวิชาแพทย์จากโรงพยาบาลศิริราชมาร่วมงานด้วย เช่น ร.ต.อ.ขุนแพทย์พลตระเวน หรือหลวงบริบาลเวชกิจ และ ร.ต.อ.ขุนเจนพยาบาล หรือ พ.ต.ท.หลวงเจนพยาบาล เป็นต้น ต่อมาประเทศไทยในปี พ.ศ. 2457 ได้มีประกาศใช้พระราชบัญญัติชันสูตรศพ พ.ศ. 2457 และในปี พ.ศ. 2479 ได้ประกาศใช้ประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา พ.ศ. 2478 เรื่องการชันสูตรพลิกศพ ให้อยู่ในมาตรา 148 ถึงมาตรา 156

ปี พ.ศ. 2496 กรมตำรวจได้จัดตั้ง "ฝ่ายนิติเวชวิทยา" ขึ้นเป็นแห่งแรกในโรงพยาบาลกรมตำรวจ เพื่อทำหน้าที่ในการชันสูตรพลิกศพผู้ตาย ต่อมาปี พ.ศ. 2503 ได้ประกาศใช้พระราชกฤษฎีกา แบ่งส่วนราชการกองแพทย์ กรมตำรวจ ออกเป็น 4 แผนก โรงพยาบาลตำรวจเป็นแผนกหนึ่งของกองแพทย์ แบ่งออกเป็น 13 แผนกวิชา ฝ่ายนิติเวชวิทยาได้เปลี่ยนฐานะเป็น "แผนกวิชานิติเวชวิทยา " และสร้างตึก "ตวงสิทธิ์อนุสรณ์" เป็นที่ทำงานของฝ่ายนิติเวชวิทยา โรงพยาบาลตำรวจในปี พ.ศ. 2506 พร้อมกับจัดตั้งกรมตำรวจสร้างอาคาร 3 ชั้น เป็นที่ทำงานใหม่ของฝ่ายนิติเวชวิทยา โดยไม่ขึ้นตรงกับหน่วยงานใดในปี พ.ศ. 2515

ปี พ.ศ. 2523 แผนกนิติเวชวิทยาปรับฐานะขึ้นเป็น "กองบังคับการ" เป็นหนึ่งในสี่ของกองบังคับการในสังกัดสำนักงานแพทย์ใหญ่ กรมตำรวจ ใช้ชื่อว่า "สถาบันนิติเวชวิทยา" ตามคำสั่งกรมตำรวจที่ 35/2523 เป็นองค์กรรับผิดชอบงานนิติเวชศาสตร์ของประเทศไทยนับแต่นั้นเป็นต้นมาจนถึงปัจจุบัน[4]