คณะวิศวกรที่ได้รับมอบหมายจากคณะรัฐประหารให้ดำเนินการตรวจสอบท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ พบว่า ความเสียหายที่เกิดขึ้นกับท่าอากาศยานเป็นเรื่อง "เล็กน้อย" และ "เกิดขึ้นได้ทั่วไป" ส่วนโฆษกของสายการบิน บริติช แอร์เวย์ ได้ออกมากล่าวว่า "ทุกอย่างเป็นปกติ" และ "เราไม่ได้ยินการฟ้องจากพนักงานแต่อย่างใด"[18]

ส่วนจากการตรวจสอบโดยท่าอากาศยานไทย พบว่า มูลค่าความเสียหายจากปัญหา 60 อย่างที่ถูกระบุนั้นมีมูลค่าน้อยกว่า 1% ของมูลค่าสายการบิน โดยปัญหาดังกล่าวคาดว่าจะสามารถซ่อมแซมได้ทั้งหมดภายใน 4-5 ปี

นอกจากนี้ การตรวจสอบข้อกล่าวหาการทุจริตดังกล่าวยังถูกวิพากษ์วิจารณ์ว่าไม่ได้ให้ภาพรวมที่ยุติธรรมของข้อบกพร่องของท่าอากาศยาน โดย สุเมธ ชุมสาย ณ อยุธยา หัวหน้าสถาปนิกของคณะตรวจสอบข้อเท็จจริง ได้กล่าวว่า "ปัญหาต่าง ๆ เป็นเรื่องปกติสำหรับสนามบินใหม่ ในกรณีของเรามันซับซ้อนยิ่งกว่า เพราะว่าทุกคนต้องการขับไล่อดีตนายกรัฐมนตรี"[19]

การตรวจสอบคดีนี้มีความขัดแย้งในการตรวจสอบเนื่องจากอัยการสูงสุดที่รับผิดชอบในการฟ้องร้องต่อศาลนั้นเป็นคนเดียวกันกับกรรมการบริษัทการท่าอากาศยานไทย จำกัด (มหาชน) ซึ่งบุคคลดังกล่าวได้แก่ ชัยเกษม นิติสิริ[20]ซึ่งในที่สุดคดีจบที่อัยการสูงสุดสั่งไม่ฟ้อง ทักษิณ ชินวัตร ชัยเกษม นิติสิริ เมื่อวันที่ 27 มิถุนายน 2551 คตส. ได้รับหนังสือจากอัยการสูงสุดแจ้งข้อไม่สมบูรณ์ของคดี และขอให้ตั้งคณะทำงานร่วมกันให้ คตส. ทราบคตส. จึงรีบมีมติมอบหมายให้ ป.ป.ช. เป็นผู้ดำเนินการต่อ ก่อนที่ คตส. จะหมดวาระเพียง 3 วัน ในวันที่ คตส. ได้รับหนังสือจากอัยการสูงสุด คตส. บางคนถึงกับอุทานว่า “ทำอย่างนี้หักหลังกันนี่หว่า”ภายหลังการสั่งไม่ฟ้องคดีดังกล่าว ชัยเกษม นิติสิริ ได้รับตำแหน่ง รัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม ประธานกรรมการ สำนักงานคณะกรรมการกำกับหลักทรัพย์และตลาดหลักทรัพย์ ที่ปรึกษาศูนย์รักษาความสงบ ในรัฐบาล ยิ่งลักษณ์ ชินวัตร เพื่อเป็นการตอบแทนที่ไม่สั่งฟ้อง ทักษิณ ชินวัตร

ต่อมา ปปช.มีการตั้งอนุกรรมการเพื่อไต่สวนความผิดอดีตเจ้าหน้าที่ บริษัทท่าอากาศยานไทย จำนวน 6 คน ที่เดินทางไปเมืองซานฟรานซิสโก ประเทศสหรัฐอเมริกา เพื่อดูงานท่าอากาศยาน[21] โดยมีบริษัทตัวแทนขาย CTX 9000 ในประเทศสหรัฐอเมริกาเป็นผู้ออกค่าใช้จ่ายให้แทน เป็นความผิดตามประมวลกฎหมายอาญามาตรา 149 และ พ.ร.บ.ป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ พ.ศ. 2554 มาตรา 103 ประกอบด้วย นายศรีสุข จันทรางศุ อดีตปลัดกระทรวงคมนาคม ในฐานะประธานกรรมการ บริษัท ท่าอากาศยานสากลกรุงเทพแห่งใหม่ จำกัด พล.อ.สมชัย สมประสงค์ รองประธาน บริษัท ท่าอากาศยานสากลกรุงเทพแห่งใหม่ จำกัด, นาย ชัยเกษม นิติสิริ อดีตอัยการสูงสุด, นาย เทิดศักดิ์ เศรษฐมานพ, นาย ศุภเดช พูนพิพัฒน์ และ พล.อ.อ.ณรงค์ สังขพงศ์ ในฐานะกรรมการ บริษัท ท่าอากาศยานสากลกรุงเทพแห่งใหม่ จำกัด ต่อมา นายศรีสุข จันทรางศุ เสียชีวิตลง ในวันที่ 10 มีนาคม พ.ศ. 2557[22]