ในสภาพแวดล้อมที่สูญเสียออกซิเจน แบคทีเรียแอนแอโรบิก สามารถเพิ่มจำนวนขึ้นจนอาจทำให้เกิดปัญหาด้านความปลอดภัยของอาหาร เชื้อก่อโรคที่มีความกังวลบางอย่างในอาหารที่บรรจุสุญญากาศ ได้แก่ Clostridium botulinum ที่ ไม่ก่อให้เกิดสปอร์, Yersenia enterocolitica, และ Listeria monocytogenes บรรจุภัณฑ์สุญญากาศมักใช้ร่วมกับเทคนิคการแปรรูปอาหารอื่น ๆ เช่นการ ฆ่า เชื้อหรือการแช่แข็งเพื่อยับยั้งการเติบโตของสิ่งมีชีวิตที่ไม่ใช้ออกซิเจน