ทางการเมืองการปฏิรูปศาสนาได้ทำให้พวกที่ไม่ต้องการระเบียบแบบแผน และพวกที่มีความคิดเห็นรุนแรงทางศาสนาก่อการจลาจลวุ่นวายขึ้นเรียกว่า ”กบฏชาวนา” ในปี ค.ศ. 1525 ที่โบฮีเมีย มีทั้งกลุ่มอัศวินต่อสู้กับเจ้านายของตน และพวกชาวนาที่ก่อการปฏิวัติต่อเจ้าของที่ดินโดยต่างยื่นข้อเสนอเรียกร้องสิทธิของตน และกำหนดกฎเกณฑ์เอาตามใจชอบ บ้างก็ขอเสรีภาพในการถือศาสนา ดังนั้นลูเทอร์จึงได้ลุกขึ้นมาสอนให้ประชาชนเคารพประมุข และกฎหมายของรัฐ และต่อต้านการจลาจล โดยถือว่าประมุขของรัฐมีอำนาจอันชอบธรรมในสายตาของศาสนา ที่จะดำเนินการเด็ดขาดกับขบวนการเหล่านี้ เพราะฉะนั้นคำสอนของลักธิลูเทอรันส่งเสริมอำนาจชนชั้นปกครองทางศาสนา

เกิดการปฏิรูปศาสนาไปทั่วยุโรปโดยแบ่งออกเป็น

• แยกนิกายเป็น โปรเตสแตนต์และโรมันคาทอลิก
• การปฏิรูปภายในนิกายโรมันคาทอลิกเอง เช่น เกิดคณะเยสุอิต (The Jesuits) ที่เน้นการศึกษาวิทยาการใหม่เพื่อปรับตัวให้เข้ากับสภาพแวดล้อม สภาสังคายนาแห่งเทรนต์ (1545-1563) ซึ่งต้องการแก้ไขข้อติดเตียนของขบวนการปฏิรูปศาสนาโปรเตสแตนต์ทั้งหมด แต่ยังเชื่อว่าสิทธิอำนาจมาจากพระคัมภีร์และขนบธรรมเนียมต่าง ๆ ที่คริสตจักรได้รับสืบทอดมาจากเปโตร และยอมรับอำนาจของสันตะปาปาว่ายังมีอยู่ ผลการปฏิรูปนิกายโรมันคาทอลิก ทำให้สามารถป้องการการขยายตัวของความนิยมในนิกายโปรเตสแตนต์อย่างมีประสิทธิภาพ แม้ว่าสันตะปาปาต้องเสียอำนาจในยุโรปไปมาก แต่ก็ยังสามารถรักษาอิทธิพลทางจิตใจเหนือประชากรจำนวนมากของโลกตะวันตกไว้ได้ และสามารถฟื้นฟูความศักดิ์สิทธิของโรมได้จนถึงปัจจุบัน