การยอมรับความต่างทางศาสนา (อังกฤษ: Religious toleration) คือภาวะของการยอมรับหรือการอนุญาตความเชื่อหรือการปฏิบัติของศาสนาอื่นที่แตกต่างไปจาศาสนาของตนเองในประเทศที่มีศาสนาประจำชาติ “การยอมรับ” หมายความว่ารัฐบาลอนุญาตการปฏิบัติสักการะของศาสนาหรือความเชื่อที่แตกต่างไปจากศาสนาประจำชาติ และไม่เบียดเบียนผู้ถือศาสนาอื่นเหล่านั้น หลักการนี้เป็นหลักการฝักฝ่ายซึ่งอาจจะยังคงตามมาด้วยการเลือกปฏิบัติทางศาสนา (การยอมรับความต่างทางศาสนาเพียงแต่หมายถึงการละเว้นจากการเบียดเบียนผู้ถือปฏิบัติศาสนาที่ต่างออกไปจากศาสนาประจำชาติ ซึ่งแตกต่างจากเสรีภาพทางศาสนา ซึ่งถือว่าทุกศาสนามีความเท่าเทียมกัน) การยอมรับในบางสถานการณ์เป็น “เอกสิทธิ์” ที่มอบให้โดยรัฐบาล (ที่อาจจะออกมาเป็นกฎหมายหรือใบอนุญาต) ไม่ถือว่าเป็น สิทธิ รัฐบาลมักจะยอมรับศาสนาบางศาสนาเท่านั้น และไม่ยอมรับศาสนาบางศาสนาหรือลัทธิการยอมรับความต่างทางศาสนาในรูปแบบของการปฏิบัติของรัฐบาลมิได้เกิดขึ้นอย่างชัดแจ้งมาจนกระทั่งคริสต์ศตวรรษที่ 16 ฉะนั้นจึงเป็นการยากที่จะใช้ในการกล่าวถึงหัวข้อเช่นการไล่ทำร้ายและสังหารคริสเตียนในจักรวรรดิโรมันเป็นต้น[1]ในประวัติศาสตร์การยอมรับความต่างทางศาสนาเป็นประเด็นที่มักจะสร้างข้อขัดแย้งภายในศาสนาเอง และ ระหว่างศาสนาต่างๆ ปัญหามิได้เพียงอยู่ที่การอนุญาตหรือไม่อนุญาตศาสนาที่ต่างออกไป แต่ผู้เป็นประมุขจะเป็นผู้ที่ยอมรับให้ผู้อยู่ในการปกครองนับถือที่ต่างออกไปได้ด้วยในยุคกลางการยอมรับผู้ถือศาสนายูดายเป็นหัวข้อที่สร้างความขัดแย้งโดยทั่วไปในคริสต์ศาสนจักร ในปัจจุบันประเด็นสำคัญคือการยอมรับผู้ถือศาสนาคริสต์ในประเทศอิสลาม