ถ้าแพทย์พบเหตุที่ควรจะตรวจคนไข้มากขึ้นว่ามีความผิดปกติทางประสาทหรือไม่ ก็อาจจะสั่งให้สร้างภาพสมองความผิดปกติสามัญอย่างหนึ่งก็คือ คนไข้หมดสติชั่วคราว (syncope)[4][5]ในกรณีที่หมดสติโดยไม่มีประวัติที่แสดงว่าอาจมีอาการทางประสาท วิธีวินิจฉัยก็คือตรวจประสาท (neurological examination) แต่การสร้างภาพยังไม่จำเป็นเพราะว่าโอกาสพบเหตุในระบบประสาทกลางน้อยมากและคนไข้ไม่น่าจะได้ประโยชน์จากเทคนิค[5]

การสร้างภาพสมองไม่จำเป็นสำหรับคนไข้ที่ปวดหัวแบบเสถียร ซึ่งจะวินิจฉัยว่าเป็นไมเกรน[6]เพราะว่า งานวิจัยแสดงว่า การมีไมเกรนไม่ได้เพิ่มความเสี่ยงต่อโรคในกะโหลกศีรษะ[6]ดังนั้น การวินิจฉัยไมเกรนที่ไม่มีปัญหาอย่างอื่น ๆ เช่น จานประสาทตาบวม (papilledema) ไม่บ่งชี้ว่าควรสร้างภาพสมอง[6]เมื่อตรวจคนไข้อย่างละเอียดและระมัดระวัง แพทย์จะพิจารณาว่าการปวดหัวอาจมีเหตุนอกจากไมเกรน ซึ่งควรจะต้องสร้างภาพสมองหรือไม่[6]

ข้อบ่งชี้ในการสร้างภาพสมองอีกอย่างก็คือศัลยกรรมแบบ stereotactic หรือรังสีศัลยกรรม (radiosurgery) โดยใช้ภาพ CT, MRI หรือ PET เพื่อรักษาเนื้องอกในกะโหลกศีรษะ, รูปผิดปกติของหลอดเลือดแดงและดำ (arteriovenous malformation) และโรคอื่น ๆ ที่สามารถผ่าตัดได้[7][8][9][10]