การออกกำลังกายแบบแอโรบิกกับสมรรถภาพทางกายมักเปรียบกับการออกกำลังกายแบบอะแนโรบิก ซึ่งมีการฝึกเพื่อสร้างความแข็งแกร่งและการวิ่งระยะสั้นเป็นตัวอย่างเด่นที่สุดการออกกำลังกายทั้งสองแบบต่างกันโดยช่วงเวลาและความเข้มของการใช้กล้ามเนื้อที่เกี่ยวข้อง และโดยปริมาณพลังงานที่สร้างขึ้นในกล้ามเนื้อ[19]

งานวิจัยปี 2013 เรื่องความเป็นอวัยวะหลั่งสารของกล้ามเนื้อได้แสดงว่า การออกกำลังกายทั้งแบบแอโรบิกและอะแนโรบิกโปรโหมตการหลั่งไมโอคีน (myokine)ซึ่งมีประโยชน์รวมทั้งทำให้เนื้อเยื่อใหม่งอก ซ่อมแซมเนื่อเยื่อ มีบทบาทต่าง ๆ ในการต้านการอักเสบ และดังนั้น จึงลดความเสี่ยงการเกิดโรคต่าง ๆ เนื่องกับการอักเสบการหลั่งไมโอคีนขึ้นอยู่กับปริมาณ ช่วงเวลา และความเข้มที่ใช้กล้ามเนื้อดังนั้น การออกกำลังกายทั้งสองแบบจึงมีประโยชน์เยี่ยงนี้[20]

อนึ่ง ในสถานการณ์เกือบทุกอย่าง การออกกกำลังกายแบบอะแนโรบิกจะเกิดพร้อมกับแบบแอโรบิก เพราะเมแทบอลิซึมแบบอะแนโรบิกที่มีประสิทธิภาพน้อยกว่าจะต้องใช้เสริมเพราะต้องใช้พลังงานเกินศักยภาพของระบบแอโรบิกดังนั้น ที่เรียกว่าการออกกำลังกายแบบใช้ออกซิเจนอาจเรียกได้อย่างแม่นยำมากกว่าเป็นแบบ "ใช้ออกซิเจนโดยส่วนเดียว" เพราะออกกำลังไม่หนักพอสร้างแล็กเตต (lactate) ผ่านกระบวนการหมักไพรูเวต (pyruvate fermentation) ดังนั้น จึงเป็นการแปรพลังงานที่ได้ทั้งหมดจากคาร์โบไฮเดรตโดยใช้ออกซิเจน

เบื้องต้นเมื่อเริ่มออกแรง ไกลโคเจนในกล้ามเนื้อจะสลายเป็นกลูโคส ที่จะผ่านไกลโคไลซิสแล้วสร้างไพรูเวต ซึ่งก็จะทำปฏิกิริยากับออกซิเจน (วัฏจักรกรดซิตริก, Chemiosmosis) แล้วสร้างคาร์บอนไดออกไซด์กับน้ำขณะที่ปล่อยพลังงานแต่ถ้าขาดออกซิเจน (เช่น ในการออกกำลังกายแบบอะแนโรบิก เมื่อต้องเคลื่อนไหวอย่างรวดเร็ว) คาร์โบไฮเดรตจะหมดเร็วขึ้นเพราะ pyruvate จะหมักให้เป็นแล็กเตตด้งนั้น ถ้าการออกกำลังกายเข้มเกินอัตราที่ระบบหัวใจร่วมหลอดเลือดจะสามารถจัดส่งออกซิเจนไปให้กล้ามเนื้อได้ ผลก็คือการสะสมแล็กเตตอย่างรวดเร็วซึ่งจะทำให้ออกกำลังกายต่อไปไม่ได้ผลไม่พึงประสงค์ของการสะสมแล็กเตตเบื้องต้นรวมทั้งการความรู้สึกร้อนที่กล้ามเนื้อ และในที่สุดอาจรวมความคลื่นไส้หรือแม้แต่อาเจียน ถ้าออกกำลังกายต่อไปโดยไม่พักพอให้กำจัดแล็กเตตออกจากเลือด

เมื่อระดับไกลโคเจนในกล้ามเนื้อเริ่มหมดลง ตับก็จะปล่อยกลูโคสเข้าในเลือด และก็จะเกิดเมแทบอลิซึมอาศัยไขมันมากขึ้นเพื่อให้เชื้อเพลิงแก่วิถีเมแทบอลิซึมที่ใช้ออกซิเจนดังนั้น การออกกำลังกายแบบแอโรบิกอาจได้เชื้อเพลิงจากไกลโคเจนสำรอง ไขมันสำรอง หรือจากทั้งสอง ขึ้นอยู่กับความหนักเบาการออกกำลังกายแบบแอโรบิกหนักกลาง ๆ ที่ 65% VO2 max (หัวใจเต้น 150 ครั้งต่อนาทีสำหรับผู้มีอายุ 30 ปี) จะทำให้ใช้ไขมันเป็นพลังงานมากที่สุดในระดับนี้ ไขมันอาจให้พลังงาน 40-60% ทั้งหมดโดยขึ้นอยู่กับระยะเวลาการออกกำลังกายส่วนการออกกำลังกายหนักกว่า 75% VO2max (หัวใจเต้น 160 ครั้งต่อนาที) โดยหลักจะใช้ไกลโคเจนเป็นพลังงาน[21][22]

ในมนุษย์ผู้ไม่ใช่นักกีฬาเมื่อพัก กล้ามเนื้อหลัก ๆ ในร่างกายปกติจะมีพลังงานพอให้ออกกำลังกายอย่างกระฉับกระเฉงเป็นเวลา 2 ชม.การหมดไกลโคเจนเป็นเหตุให้หมดแรงอย่างฉับพลันแต่ถ้าฝึก หรือออกกำลังหนักน้อยกว่า หรือทานคาร์โบไฮเดรตให้มากในวันก่อนแข่งกีฬา อาจยืดจุดหมดแรงออกไปเกิน 4 ชม.[22]

การออกกำลังกายแบบแอโรบิกมีมากมายหลายอย่างโดยทั่วไป จะทำในระดับหนักปานกลางโดยเป็นระยะเวลาค่อนข้างยาวยกตัวอย่างเช่น การวิ่งทางไกลที่เร็วปานกลางเป็นการออกกำลังกายแบบแอโรบิก แต่การวิ่งระยะสั้นไม่ใช่การเล่นเทนนิสเดี่ยวที่ต้องขยับตัวอยู่เกือบตลอดโดยทั่วไปจัดเป็นกิจกรรมแบบแอโรบิก แต่การเล่นกอล์ฟหรือเทนนิสคู่ ที่ขยับตัวระยะสั้น ๆ สลับกับพักที่มีมากกว่า อาจไม่ใช่การออกกำลังกายแบบแอโรบิกโดยหลักดังนั้น กีฬาบางชนิดจึงเป็นแบบแอโรบิกโดยธรรมชาติ เทียบกับการออกกำลังกายแบบแอโรบิกโดยเฉพาะ เช่น การเต้นแอโรบิก ที่ออกแบบเพื่อเพิ่มสมรรถภาพทางแอโรบิกและสมรรถภาพทางกายและมักรวมการใช้กล้ามเนื้อขาโดยหลักหรือโดยส่วนเดียวแม้จะมีข้อยกเว้นบ้างยกตัวอย่างเช่น การพายเรือ 2,000 เมตรหรือยิ่งกว่าเป็นกีฬาแอโรบิกซึ่งออกกำลังกล้ามเนื้อหลายกลุ่มรวมทั้งขา ท้อง หน้าอก และแขน