พระเจ้าบุเรงนองประทับอยู่ที่กรุงศรีอยุธยาจนกระทั่ง วันศุกร์ขึ้นหกค่ำ เดือนสิบสอง ปีมะเส็ง พ.ศ. 2112 ได้อภิเษกให้สมเด็จพระมหาธรรมราชาธิราช ขึ้นเป็นกษัตริย์ครองกรุงศรีอยุธยา ในฐานะประเทศราช ทรงพระนามว่า สมเด็จพระสรรเพชญที่ 1 บางแห่งเรียก ''พระสุธรรมราชา''

สมเด็จพระมหินทราธิราช พระบรมวงศานุวงศ์ และขุนนางน้อยใหญ่ ได้ถูกนำไปกรุงหงสาวดีด้วยแต่สมเด็จพระมหินทร์ประชวรและสวรรคตระหว่างทางไปกรุงหงสาวดี

พม่าเข้ายึดทรัพย์สินและกวาดต้อนผู้คนกลับไปพม่าเป็นจำนวนมาก โดยเหลือให้รักษาเมืองเพียง 1,000 คน คนที่เหลือก็หนีไปหลบอาศัยอยู่ที่อื่น บ้านเรือนและสิ่งปลูกสร้างทั้งหลายได้รับความเสียหายเป็นอันมาก[11] อาณาจักรอยุธยาจึงตกเป็นเมืองขึ้นของอาณาจักรตองอูเป็นเวลานาน 15 ปี