ในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 2013 ได้มีการเปลี่ยนแปลงระบบบัตรโดยสารและค่าธรรมเนียมครั้งใหญ่ โดยบัตรโดยสารที่กำหนดใช้ขึ้นมาใหม่คือ คัมเม็ต (คัมมิวเตอร์อิเล็กทรอนิกทิกเคตติง; อังกฤษ: Commuter Electronic Ticketing) บัตรมีสองประเภท คือ บัตรโดยสารเที่ยวเดียว สามารถรับบัตรนี้ได้ที่ช่องจำหน่ายบัตรโดยสาร และต้องคืนบัตรนี้ที่สถานีที่ลง กับบัตรโดยสารหลายเที่ยว มีราคาอยู่ที่ 50,000 รูปียะฮ์ (มียอดเงินภายในบัตรอยู่ 30,000 รูปียะฮ์[6] แต่เนื่องจากมีปัญหาเรื่องบัตรสูญหายอยู่บ่อยครั้ง จนในวันที่ 22 สิงหาคม ค.ศ. 2013 จึงได้มีการใช้งานระบบฝากบัตรประจำวันเป็นครั้งแรก ซึ่งต้องเสียค่าทำบัตร 5,000 รูปียะฮ์ (รวมค่าโดยสารรถไฟฟ้าแล้ว) บัตรฝากมีอายุ 7 วัน นับจากวันที่เติมบัตร ต่อมาวันที่ 9 ธันวาคม ค.ศ. 2013 ได้มีการอนุญาตให้ใช้ บัตรบีซีเอ แฟลซซ์ ของทรานส์จาการ์ตา ขึ้นรถไฟฟ้าได้เป็นครั้งแรก[7] ต่อมาเดือนมิถุนายน ค.ศ. 2014 ได้มีการอนุญาตให้ใช้บัตรบริซซี, มันดีรี อี-มันนีย์ และบีเอ็นไอ แทปแคช ซึ่งบัตรเหล่านี้สามารถใช้ได้ทั้งรถไฟฟ้าชานเมืองและรถโดยสารประจำทางด่วนพิเศษ ทรานส์จาการ์ตา[8]

ระบบค่าโดยสารแบบใหม่ เรียกว่า ค่าโดยสารแบบก้าวหน้า โดยค่าโดยสารจะแปรผันตามจำนวนสถานีที่ผ่านมา นั่งรถไฟฟ้าผ่านห้าสถานีแรก เสียค่าโดยสารรวม 3,000 รูปียะฮ์ และทุก ๆ สามสถานีถัดไป จะเสียค่าโดยสาร 1,000 รูปียะฮ์ แต่ในช่วงเดือนกรกฎาคม-พฤศจิกายน ค.ศ. 2013 ค่าโดยสารได้ถูกปรับให้น้อยลง[9] ในช่วงสัปดาห์แรกที่มีการลดราคา ได้มีผู้โดยสารมาใช้บริการเพิ่มขึ้นร้อยละ 30 และเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการเดินรถ เดือนสิงหาคม ค.ศ. 2013 บริษัทจึงซื้อรถไฟฟ้าเพิ่มอีก 10 คันในสายโบโกร์ และเพิ่มรถไฟฟ้าอีก 170 คันใน ค.ศ. 2014[10] หนึ่งปีหลังจากที่ระบบบัตรใหม่เริ่มใช้งาน มีผู้โดยสารมาใช้บริการเพิ่มขึ้นร้อยละ 56.6 และเป็นผู้โดยสารใช้บัตรประมาณร้อยละ 50[11] ในเดือนกันยายน ค.ศ. 2014 ระบบได้สะสมผู้โดยสารเพิ่มขึ้นจาก 600,000 เป็น 650,000 คนต่อวัน[12]

วันที่ 1 เมษายน ค.ศ. 2015 ได้เปลี่ยนระบบค่าโดยสารมาแปรผันตามระยะทาง ในระยะทาง 25 กิโลเมตรแรก เสียค่าโดยสาร 2,000 รูปียะฮ์ และทุก ๆ 10 กิโลเมตรถัดไป เสียค่าโดยสาร 1,000 รูปียะฮ์[13]