ใน ค.ศ. 1923 ก่อนที่ประเทศอินโดนีเซียจะประกาศเอกราช บริษัท สตาตส์สโปร์เวเคิน (SS) ของจักรวรรดิดัตช์ ได้สร้างรถไฟฟ้าสายแรกจากตันจุงปรียก ไปยัง เมสเตอร์กอร์เนลิส (สถานีรถไฟจาตีเนอการาในปัจจุบัน) และได้เปิดใช้งานใน ค.ศ. 1925 โดยใช้รถจักรรุ่น 3000 ผลิตโดยเอสแอลเอ็ม-บีบีซี (บริษัทเครื่องจักรและรถจักรสวิส - บราวน์โบเวอรีแอนด์ซี), รถจักรไฟฟ้ารุ่น 3100 ผลิตโดยเออีจีเยอรมนี, รถจักรรุ่น 3200 ผลิตโดยบริษัทแวร์กสโปร์เนเธอร์แลนด์ และตู้โดยสาร ผลิตโดยเวสติงเฮาส์ และเจเนรัลอิเล็กทริก โครงการนี้ยังคงดำเนินการต่อไปใน ค.ศ. 1927 ในส่วนต่อขยายซึ่งให้บริการในเมืองปัตตาเวียและปริมณฑล

หลังจากประกาศเอกราชใน ค.ศ. 1945 การดำเนินงานรถไฟได้ถ่ายโอนไปยังสำนักงานขนส่งทางรางอินโดนีเซีย (ปัจจุบันคือบริษัท รถไฟอินโดนีเซีย จำกัด) และใน ค.ศ. 1976 ได้ปลดประจำการรถจักรและรถโดยสาร และนำเข้ารถไฟฟ้าจากประเทศญี่ปุ่น การให้บริการแบบรถไฟฟ้าชานเมือง เริ่มใน ค.ศ. 2000 อยู่ในเขตพื้นที่ให้บริการรถไฟที่ 1 และเริ่มดำเนินการโดยบริษัท รถไฟชานเมืองอินโดนีเซีย จำกัด ตั้งแต่ ค.ศ. 2008

การปรับระบบให้ทันสมัยเริ่มใน ค.ศ. 2011 โดยการยุบรวมจำนวนสายทั้งหมด 37 สาย ให้เหลือเพียง 6 สายหลัก ยกเลิกการให้บริการแบบรถด่วน และแบ่งชนิดรถเป็น 2 ประเภท คือ รถปรับอากาศ กับรถไม่ปรับอากาศ สำหรับรถไม่ปรับอากาศนั้น ดำเนินการโดยกระทรวงคมนาคม ในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 2013 ได้เปลี่ยนระบบบัตรมาเป็นระบบ คัมเม็ต (ระบบจำหน่ายบัตรไฟฟ้าชานเมือง) แทนที่ระบบตั๋วกระดาษ และเปลี่ยนระบบค่าโดยสารแบบเก่ามาเป็น ระบบจำหน่ายบัตรโดยสารแบบก้าวหน้า อีกทั้งยังมีการปรับปรุงสถานีรถไฟฟ้า 80 สถานีให้ดียิ่งขึ้น สำหรับรถนั่งไม่ปรับอากาศนั้น ได้รับการดัดแปลงมาเป็นรถนั่งปรับอากาศหมดครบทุกคันแล้ว[1]

สถิติวันที่ 1 เมษายน ค.ศ. 2015 มีรถไฟฟ้า 872 เที่ยวต่อวัน ส่วนใหญ่มาจากเส้นทาง โบโกร์/เดปก และเส้นทาง เบอกาซี เป็นหลัก โดยทั้งสองสายนี้ มีจำนวนเที่ยวรถ 391 และ 153 เที่ยวต่อวัน มีความถี่ทุก ๆ 5 นาที และ 12 นาที ตามลำดับ[2]

ในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 2015 ระบบรถไฟฟ้าสะสมผู้โดยสารได้มากถึง 850,000 คนต่อวัน[3] คาดว่าใน ค.ศ. 2019 จะสะสมผู้โดยสารได้มากถึง 1.2 ล้านคนต่อวัน[4]