คาซึระ โคทาโร่ หัวหน้านักรบขับไล่ต่างแดนคนหนึ่งในเอโดะ ได้ถูกลอบทำร้ายโดยนักดาบปริศนาที่ถือดาบประหลาดและหายตัวไปอย่างลึกลับ อลิซาเบธซึ่งเป็นสัตว์เลี้ยงของคาซึระจึงได้ขอร้องซากาตะ กินโทกิ เพื่อนของคาซึระที่ทำอาชีพเป็นนักรับจ้างสารพัด รวมทั้งลูกจ้างของเขาคือชิมูระ ชินปาจิ และคางุระ ให้ช่วยออกสืบหาผู้ที่ทำร้ายคาซึระ ขณะเดียวัน กินโทกิก็ได้รับการจ้างวานจากช่างตีดาบมุราตะ เท็ตสึยะให้ตามหาดาบที่ถูกขโมยไปชื่อเบนิซากุระ

ชินปาจิและอลิซาเบธได้มาซุ่มรอนักดาบที่ทำร้ายคาซึระ ได้พบว่านักดาบผู้นั้นคือโอคาดะ นิโซ นักดาบตาบอดที่เคยปะทะกับกินโทกิมาก่อน และตอนนี้ได้เป็นผู้ถือครองดาบเบนิซากุระ กินโทกิได้เข้ามาต่อสู้กับนิโซ แต่ต้องเสียทีให้ดาบเบนิซากุระจนได้รับบาดเจ็บสาหัส ชินปาจิเข้าช่วยกินโทกิด้วยการตัดแขนข้างหนึ่งของนิโซไป บวกกับหน่วยลาดตระเวนได้ยินเสียงเอะอะจากการต่อสู้จึงกรูกันเข้ามา นิโซจึงหลบหนีไป กินโทกิที่เสียเลือดมากได้ล้มลงหมดสติไป

ฝ่ายคางุระได้สืบร่องรอยของคาซึระจนมาพบเรือของกลุ่มนักรบขับไล่ชื่อกองทหารอสุรา ที่มีทากาสุงิ ชินสุเกะ อดีตสหายของกินโทกิเป็นหัวหน้ากลุ่ม และมีนิโซเป็นหนึ่งในสมาชิกของกลุ่มด้วย คางุระได้ต่อสู้กับกองทหารอสุรา แต่พลาดท่าโดนจับได้

กินโทกิฟื้นสติขึ้นมาพบว่าตัวเองได้รับการรักษาและนอนพักอยู่ที่ร้านรับจ้างสารพัดโดยมีโอทาเอะคอยคุม ต่อมาได้พบกับมุราตะ เท็ตสึโกะ น้องสาวของช่างตีดาบเท็ตสึยะ ที่มาขอร้องให้กินโทกิช่วยหยุดพี่ชายที่ร่วมมือกับกองทหารอสุราในผลิตดาบเบนิซากุระเพื่อการทำลายล้างเอโดะ กินโทกิส่งเงินคืนและทำทีบอกปฏิเสธไป แต่เขาไม่อาจทนอยู่เฉยได้และโอทาเอะก็รู้เรื่องนี้ จึงทำทีออกไปซื้อของและจัดเสื้อผ้า ดาบไม้กับร่มที่ตัวเองชอบที่สุดวางไว้ให้กินโทกิสวมออกไป ฝ่ายเท็ตสึโกะบังเอิญถูกชนล้มและทำซองเงินหล่นจนของในซองโผล่ออกมา พบโน้ตสั้นๆที่เขียนไว้ว่า"พบกันที่ร้านตีเหล็ก"ของกินโทกิ

กลุ่มนักรบขับไล่ต่างแดนของคาซึระได้โกรธแค้นทากาสุงิที่ทำร้ายคาซึระจนถึงแก่ชีวิต จึงนำเรือเข้าโจมตีเรือของกองทหารอสุรา ฝ่ายชินปาจิได้ลักลอบขึ้นเรือของกองทหารอสุรา และช่วยคางุระเอาไว้ได้ พร้อมๆกับที่คาซึระที่หายสาบสูญไปนั้น ก็ได้ปลอมตัวเป็นอลิซาเบธ แล้วลอบเข้าทำลายโรงงานผลิตดาบเบนิซากุระจนสิ้น

กินโทกิได้ขึ้นมาร่วมการต่อสู้ แล้วได้ปะทะกับนิโซอีกครั้ง โดยสามารถต่อสู้ได้เปรียบกับนิโซ แต่นิโซได้ถูกดาบเบนิซากุระกลืนกินจนร่างกายเปลี่ยนแปลงไป แล้วจัดการกินโทกิจนหมดสติ ชินปาจิ คางุระ และเท็ตสึโกะได้เข้าไปเพิ่อช่วยเหลือ เท็ตสึโกะเกือบจะถูกนิโซฆ่า แต่เท็ตสึยะพี่ชายได้เข้ามารับดาบแทนจนบาดเจ็บสาหัสอย่างหนัก ทำให้กินโทกิได้ฟื้นคืนสติ แล้วจัดการปราบนิโซและดาบเบนิซากุระลงได้ ฝ่ายเท็ตสึยะได้กล่าวฝากฝังกับเท็ตสึโกะ แล้วทนพิษบาดแผลไม่ไหวเสียชีวิตไป

โจรสลัดฮารุซาเมะได้เดินทางมาสนับสนุนกองทหารอสุรา กินโทกิและคาซึระจึงช่วยรบต้านไว้ เพื่อเปิดทางให้คนอื่นๆได้หนีไปได้ ก่อนจะประกาศตัดเพื่อนกับทากาสุงิและพากันโดดลงมาจากเรือ กินโทกิโดดเกาะตัวคาซึระที่ติดร่มชูชีพไว้กับตัว ทั้งสองจึงลงพื้นได้อย่างปลอดภัย ทากาสุงิและกองทหารอสุราซึ่งบอบช้ำจากการต่อสู้ ได้เดินทางจากไปยังอวกาศพร้อมกับโจรสลัดฮารุซาเมะ ฝ่ายกินโทกิ ชินปาจิ และคางุระก็กลับมาถึงร้านรับจ้างสารพัดโดยสวัสดิภาพ