กุหลาบแวร์ซายส์ เป็นเรื่องราวของออสการ์ ฟรังซัวส์ เดอ จาร์เจ ตัวละครหลักของเรื่อง ในยุคของการปฏิวัติและการเกิดจลาจลภายในประเทศฝรั่งเศส ออสการ์เป็นทายาทคนสุดท้ายของนายพลชาร์เวอเลีย เดอ จาร์เจ ขุนนางแห่งฝรั่งเศสที่มีบุตรสาวถึง 6 คน นายพลจาร์เจตั้งความหวังถึงบุตรที่ถือกำเนิดขึ้นมา ซึ่งต้องเป็นบุตรชายเท่านั้นเพื่อสืบทอดตระกูลจาร์เจต่อไปในอนาคต แต่นายพลจาร์เจต้องผิดหวังเป็นอย่างยิ่ง เมื่อบุตรคนเล็กถือกำเนิดขึ้นมาเป็นหญิง จึงตัดสินใจที่จะเลี้ยงดูบุตรสาวคนเล็กในแบบชายชาตรีและให้ชื่อว่า "ออสการ์" รวมทั้งสั่งสอนและฝึกฝนในเรื่องศิลปะการต่อสู้ วิชาทางด้านการทหาร การใช้ดาบและปืนให้แก่ออสการ์

เมื่อออสการ์ อายุ 11 ปี นายพลจาร์เจผู้เป็นบิดา ได้นำตัวอังเดร กรังดิเออร์ เด็กรับใช้ภายในคฤหาสน์จาร์เจ หลานชายเพียงคนเดียวของแม่บ้านที่เป็นแม่นมและเลี้ยงดูออสการ์มาตั้งแต่เล็ก เพื่อเป็นเพื่อนเล่นและคู่มือในการฝึกซ้อมดาบแก่ออสการ์ ด้วยวัยที่ใกล้เคียงกันทำให้ทั้งสองสนินสนมกันอย่างรวดเร็ว และมักใช้เวลาส่วนใหญ่ในการฝึกฝนการซ้อมดาบและศิลปะการต่อสู้ ตลอดเวลาอังเดรกลายเป็นผู้ที่พ่ายแพ้ให้แก่ออสการ์ โดยที่อังเดรเป็นฝ่ายเต็มใจในความพ่ายแพ้ของตนเองเพื่อที่ได้อยู่ใกล้ชิดกับออสการ์ ผู้เป็นทั้งเจ้านาย เพื่อนเล่นและหญิงสาวที่ตนเองแอบหลงรัก

ในช่วงระยะเวลาของการเปลี่ยนแปลงการปกครองของพระเจ้าหลุยส์ที่ 14 แห่งฝรั่งเศส ทางฝรั่งเศสได้มีการต้อนรับพระนางมารี อองตัวเนต เจ้าหญิงแห่งฮังการีและแคว้นโบฮีเมีย อาร์คดัชเชสแห่งออสเตรียที่เสด็จมาเพื่ออภิเษกกับมกุฎราชกุมารแห่งฝรั่งเศส และดำรงตำแหน่งราชินีแห่งฝรั่งเศส ตระกูลจาร์เจได้มีโอกาสรับใช้ราชวงศ์แห่งฝรั่งเศส เมื่อออสการ์เข้ารับราชการเป็นนายทหารรักษาพระองค์ของฝรั่งเศส ตามเจตนารมณ์ของนายพลจาร์เจ เมื่ออายุ 13 ปี และได้มีโอกาสปฏิบัติหน้าที่ในการคุ้มครองแก่เจ้าหญิงออสเตรีย

เมื่อออสการ์เข้ารับราชการทหาร อังเดรได้ติดตามออสการ์เข้ารับราชการทหารเช่นกัน ออสการ์มีหน้าที่ในการอารักขาและตามเสด็จพระนางมารี อองตัวเนต ยามพระนางเสด็จออก ณ สถานที่ต่าง ๆ ภายหลังจากพิธีอภิเษกสมรสระหว่างพระเจ้าหลุยส์ที่ 16 แห่งฝรั่งเศสและพระนางมารี อองตัวเนต เสร็จสิ้น ฝรั่งเศสได้จัดงานเฉลิมฉลองต้อนรับราชินีแห่งฝรั่งเศสอย่างยิ่งใหญ่ ออสการ์ได้รับมอบหมายให้ดำรงตำแหน่งองค์รักษ์ประจำพระองค์ของพระนางมารี อองตัวเนต แต่ด้วยพระชนมายุที่อ่อนวัย ภายหลังจากดำรงตำแหน่งราชินีแห่งฝรั่งเศสได้ไม่นาน พระนางมารี อองตัวเน็ต ก็พบเจอกับกฎระเบียบข้อบังคับที่เคร่งครัดของราชวงศ์ฝรั่งเศส ที่ทำให้พระนางทรงรู้สึกอึดอัดพระทัยเป็นอย่างยิ่ง

ความอ่อนแอของพระเจ้าหลุยส์ที่ 16 ที่ทรงสนพระทัยทางด้านดนตรีและศิลปะมากกว่าพระนาง ทำให้พระนางทรงหาทางหลบหลีกกฎระเบียบข้อบังคับต่าง ๆ ของราชวงศ์ฝรั่งเศส ละทิ้งตำแหน่งราชินีด้วยการปลอมพระองค์ สวมหน้ากากปิดบังใบหน้า อำพรางพระองค์ เสด็จออกตามโรงละครต่าง ๆ เพื่อหาความสำราญ ทรงสนพระทัยงานเลี้ยงเต้นรำของเหล่าผู้ดี ที่จัดงานเต้นรำแทบทุกคืน ทุกครั้งที่พระนางมารี อองตัวเนต ปลอมพระองค์เป็นเลดี้ของท่านเคานท์แห่งออสเตเรีย ออสการ์จะทำหน้าที่นายทหารราชองค์รักษ์ติดตามไปด้วยทุกครั้ง

พระนางมารี อองตัวเนต ทรงสนุกสนานกับการปลอมพระองค์ ปิดบังฐานะที่แท้จริง ทรงเพลิดเพลินกับงานเลี้ยงและการเต้นรำของเหล่าผู้ดี จนกระทั่งในงานเลี้ยงต้อนรับท่านเคานท์แฟร์ซองแห่งสวีเดน พระนางมารี อองตัวเนต ตอบรับคำเชิญของเหล่าเลดี้ เสด็จมาร่วมงานเลี้ยงต้อนรับด้วยการปลอมพระองค์ สวมหน้ากากสีดำเสด็จพร้อมด้วยออสการ์เช่นเคย ระหว่างงานเลี้ยงเต้นรำ เคานท์แฟร์ซองได้พบกับพระนางมารี อองตัวเนต เป็นครั้งแรกและประทับใจในความงามของพระนาง ถึงกับเสียมารยาทด้วยการถอดหน้ากากที่ปิดบังใบหน้าของพระนางมารี อองตัวเนต ออก เพื่อยลโฉมใบหน้าที่แท้จริงภายใต้หน้ากาก

ออสการ์แสดงตัวเป็นชายในฐานะราชองค์รักษ์ เข้าขัดขวางเคานท์แฟร์ซอง พร้อมกับแสดงฐานะที่แท้จริงของพระนางมารี อองตัวเนต การพบกันครั้งแรกให้ทั้งสองต่างพึงพอใจซึ่งกันและกัน และแอบลักลอบพบกันหลายต่อหลายครั้ง จนทำให้เกิดข่าวลือเรื่องชู้สาวของพระนางลือกระฉ่อนไปทั่วฝรั่งเศส ทำให้ชื่อเสียงและเกียรติยศของพระนางมารี อองตัวเนต เสื่อมเสีย ราชวงศ์ฝรั่งเศสได้รับผลกระทบจากข่าวลือที่กระจายไปทั่ว ออสการ์ในฐานะนายทหารรักษาพระองค์และคนสนิทของพระนางมารี อองตัวเนต ได้แก้ไขสถานการณ์ด้วยการขอร้องให้เคานท์แฟร์ซอง เดินทางกลับสวีเดน

เคานท์แฟร์ซอง ตัดสินใจเดินทางออกนอกประเทศ เพื่อยุติข่าวลือตามที่ออสการ์ขอร้อง และเข้าร่วมรบในสงครามปลดปล่อยอเมริกา พระนางมารี อองตัวเนต เสียพระทัยเป็นอย่างยิ่งที่คนรักของพระนางต้องจากไป จึงทรงเริ่มเปลี่ยนแปลงพระองค์ด้วยการสั่งซื้อเสื้อผ้าและเครื่องประดับราคาแพง เสด็จออกงานเลี้ยงเต้นรำแทบทุกคืน เพื่อให้พระนางทรงลืมเคานท์แฟร์ซอง ชายผู้เป็นที่รัก แต่การใช้จ่ายสุรุ่ยสุร่ายของพระนางมารี อองตัวเนต ทำให้การเก็บภาษีอาการจากราษฎรต้องเพิ่มมากขึ้น ความยากจนแพร่กระจายไปทั่วฝรั่งเศส ราษฎรต่างเคียดแค้นพระนางมารี อองตัวเนต ที่เป็นทรงใช้จ่ายเงินทองเพื่อความต้องการของพระนาง

ออสการ์เติบโตในหน้าที่การงานจนได้เลื่อนขั้นเป็นนายพลกองทหารรักษาพระองค์ของฝรั่งเศส แต่กลับไม่ได้รับการยอมรับจากอเลน นายทหารภายในกองทหารรักษาพระองค์ ทำให้เกิดเรื่องบาดหมางระหว่างอังเดรและอเลน จนออสการ์ต้องคอยห้ามปรามหลายครั้ง และยอมลาออกจากตำแหน่งนายพลกองทหารรักษาพระองค์ของฝรั่งเศส มาประจำการที่ค่ายทหารประจำกรุงปารีส แต่เกิดเหตุการณ์สำคัญขึ้นในชีวิตออสการ์ เมื่อนายพลจาร์เจ ตัดสินใจให้ออสการ์หมั้นและแต่งงานกับเจโรเดล อดีตผู้ใต้บังคับบัญชาของออสการ์

แต่ออสการ์ไม่ยอมรับงานหมั้นและแต่งงานกับเจโรเดลเนื่องจากรักอังเดร ภายหลังเกิดเหตุจลาจลขึ้น ราษฎรต่างพากันประท้วงเหล่าขุนนางและพวกผู้ดีฝรั่งเศส ออสการ์และอังเดรถูกทำร้ายได้รับบาดเจ็บ และได้รับการช่วยเหลือจาก เคานท์แฟร์ซอง ที่กลับมารับตำแหน่งพันเอกในกองทหารรักษาพระองค์ ภายในพระราชวังแวร์ซายส์เกิดเหตุการณ์วุ่นวายขึ้น เกิดคดีสร้อยพระศอเพชร ที่โบห์แมร์ เรียกร้องเงินจำนวนหนึ่งล้านห้าแสนปอนด์จากพระนางมารี อองตัวเนต เพื่อเป็นค่าสร้อยพระศอเพชร ที่พระคาร์ดินัล เดอ โรออง เป็นผู้ว่าจ้างให้ทำขึ้นในนามของพระนางมารี อองตัวเนต ทำให้ราษฎรที่ได้รับความลำบากรวมตัวกันก่อเหตุปฏิวัติขึ้นอีกครั้ง

ออสการ์และอังเดรเข้าร่วมต่อสู้ในการปฏิวัติของราษฎรตามหน้าที่ แต่ทั้งสองถูกยิงเสียชีวิต พระเจ้าหลุยส์ที่ 16 พระนางมารี อองตัวเนต และเจ้าชายโจเซฟ รวมทั้งเชื้อพระวงศ์ในราชวงศ์ฝรั่งเศส ถูกจับและนำตัวไปคุมขังเพื่อรอการพิพากษา พระเจ้าหลุยส์ที่ 16 ถูกนำตัวไปประหารชีวิตก่อน สร้างความตึงเครียดและความหวาดกลัวแก่พระนางมารี อองตัวเนต ทำให้เส้นพระเกศาสีทองเปลี่ยนเป็นสีขาวโพลนเพียงชั่วข้ามคืน ก่อนทีพระนางจะถูกนำตัวไปประหารชีวิตด้วยกิโยติน เพื่อชดใช้สำหรับประชาชนที่ต้องสูญเสียชีวิตและเงินทองเป็นค่าภาษีให้พระนางใช้จ่ายฟุ่มเฟือย