นิทานปรัชญาเรื่องก็องดีดมีเนื้อหารวม 30 บท เราสามารถพิจารณาโครงสร้างได้ 3 รูปแบบดังนี้

โครงสร้างพื้นฐาน

ก็องดีดมีโครงสร้างตามขนบ กล่าวคือการเปิดเรื่อง เรื่องที่ดำเนินไปและการจบเรื่อง

• บทแรกเป็นการเปิดเรื่อง ซึ่งกล่าวถึงความเป็นมาของตัวละครเอก (ก็องดีด) และสาเหตุที่ทำให้เขาต้องพลัดพรากจากตัวละครเอกหญิง (กุเนก็องด์)
• บทที่ 2-29 เป็นการดำเนินเรื่อง
• บทสุดท้าย (บทที่ 30) เป็นการสรุปเรื่องซึ่งจบเรื่องอย่างมีความสุขด้วยการแต่งงานระหว่างก็องดีดและกุเนก็องด์ และการตั้งรกรากถิ่นฐานสืบไป

โครงสร้างตามเนื้อหา

ส่วนแรก (บทที่ 1-13) ก็องดีดต้องเผชิญกับภัยพิบัติต่าง ๆ นานาตลอดการเดินทางของเขาจากแคว้นเวสท์ฟาลีในเยอรมันตะวันตกไปทางทิศตะวันออกสู่ทวีปอเมริกาใต้ ในส่วนนี้จะเห็นได้ว่าวอลแตร์เสนอความคิดให้เห็นความเป็นจริงในโลกที่ก็องดีดเผชิญล้วนแต่เป็นสิ่งที่เลวร้าย ทั้งจากภัยธรรมชาติ (วาตภัย แผ่นดินไหว เรือล่ม เป็นต้น) และภัยที่เกิดจากน้ำมือมนุษย์ (สงคราม ความบ้าคลั่งทางศาสนา การค้าทาส โรคระบาด เป็นต้น) วอลแตร์แสดงให้เห็นว่าไม่มีระบบความคิดทางปรัชญาหรือศาสนาใด ๆ ที่จะขจัดความเลวร้ายเหล่านี้ไปจากมนุษย์ได้

ส่วนที่สอง (บทที่ 14-18) เป็นศูนย์กลางของนิยาย เรื่องเกิดขึ้นในสู่ทวีปอเมริกาใต้ ก็องดีดได้เรียนรู้เรื่องราวจากเมืองในฝัน 3 เมือง ได้แก่ เมืองในฝันด้านการเมือง เมืองในฝันด้านวิถีชีวิตตามธรรมชาติ และเมืองในฝันด้านปรัชญา ซึ่งทั้ง 3 เมืองนี้ใช้ทวีปอเมริกาใต้เป็นที่ตั้งโลกในฝัน

• เมืองในฝันด้านการเมืองของคณะพระเยซูอิตที่ปารากวัย แต่เมืองในฝันด้านการเมืองนี้ก็เป็นการเมืองมากเกินไป ภารกิจที่คณะพระกล่าวอ้างคือ การนำอารยธรรมไปให้แก่ชาวพื้นเมือง แต่ในทางปฏิบัติคณะพระแสวงหาความร่ำรวยและอำนาจความเป็นใหญ่ ในส่วนนี้วอลแตร์ได้โจมตีการล่าอาณานิคมของรัฐและอำนาจการปกครองของคณะพระเยซูอิต
• เมืองในฝันด้านวิถีชีวิตตามธรรมชาติของชนเผ่าออเร็ยยง แต่ก็เป็นวิถีชีวิตที่เป็นธรรมชาติเกินไป คือ ชนเผ่าออเร็ยยงไม่นุ่งห่ม กินคนและมีเพศสัมพันธ์กับลิง วอลแตร์จึงเสนอเรื่องนี้เพื่อคัดค้านความคิดเห็นของรุสโซที่เรียกร้องให้ผู้คนกลับไปใช้ชีวิตตามธรรมชาติ
• และเมืองในฝันด้านปรัชญาที่เอลโดราโด เมืองนี้ไม่มีความเลวร้ายใด ๆ ทั้งสิ้น ชาวเมืองทุกคนเข้าถึงพระผู้เป็นเจ้าโดยไม่ต้องผ่านพระ เมืองนี้ไม่มีพระ ในขณะเดียวกันก็ไม่มีศาล ไม่มีตำรวจเพราะไม่มีโจรผู้ร้าย ไม่มีขโมย ก้อนกรวดก้อนหินตามทางก็คือทองคำและเพชรพลอย เมืองนี้มีพระราชาผู้ทรงสติปัญญาสูง ประกอบด้วยเมตตากรุณา แต่เมืองในฝันเช่นนี้ก็ไม่มีจริงในโลกนี้ โดยมีเงื่อนไขบางประการที่จะทำให้เกิดเมืองในฝันได้ เช่น ขนาดต้องไม่ใหญ่เกินไป มีทรัพยากรธรรมชาติที่เพียงพอ มีปราการธรรมชาติ และการพรางตาจากโลกภายนอก ดังที่ระบุไว้ในหนังสือ ยูโทเปีย ของ เซอร์ โทมัส มอร์ โดยวอลแตร์ได้วาดภาพเมืองนี้เพื่อโจมตีสถาบันทางการเมืองและทุกสถาบันในสังคมของประเทศฝรั่งเศส
• เมืองในฝันถึงแม้จะมีจริง ก็ไม่มีผู้ใดใคร่จะอยากอยู่อาศัย ถึงแม้ตัวละครจะหนีความโหดร้ายของสังคมมาได้ แต่ก็ไม่ปรารถนาที่จะอยู่ ไม่ใช่เพราะว่าเมืองในฝันมีตำหนิ แต่เพราะตัวละครนั้นเองยังมีตำหนิ ยังมีความ รัก โลภ โกรธ หลง อยู่ในตัว เพราะเติบโตมาในโลกที่ต้องช่วงชิงแข่งขัน และไม่สามารถหลุดออกจากความต้องการทางใจได้ จึงได้จากเมืองในฝันมา

ส่วนที่สาม (บทที่ 19-30) ก็องดีดเดินทางกลับไปยุโรปและตั้งถิ่นฐานที่เมืองคอนสแตนติโนเปิล ในส่วนนี้วอลแตร์เสนอโลกแห่งความจริงที่กลับมาพบอีกครั้ง ความเลวร้ายจากธรรมชาติและจากน้ำมือมนุษย์ยังคงมีอยู่ แต่ครั้งนี้ก็องดีดก็ไม่ได้เป็นผู้ถูกกระทำตลอดเวลาเหมือนในช่วงแรก เขากลายเป็นผู้สังเกตดูความเป็นไปในโลกนี้ เขาเริ่มใช้ความคิดไตร่ตรองด้วยตนเองและหาทางออกให้แก่ชีวิตของตน เพราะตระหนักว่า นอกความทุกข์ยากที่มนุษย์ต้องเผชิญภายนอกแล้วมนุษย์ยังต้องเผชิญกับความเลวร้ายจากภายในตนเองอีกด้วย ซึ่งได้แก่ ความอิจฉา ความวิตกกังวลและความเบื่อหน่าย ก็องดีดจึงได้สรุปการดำรงชีวิตอย่างมีคุณค่าซึ่งเราสามารถขจัดความเลวร้ายจากภายในตนเอง นั่นก็คือ “จงทำสวนของเรา” หรือ “จงทำงาน” (Il faut cultiver notre jardin)

โครงสร้างตามพัฒนาการทางความคิดของตัวละครเอก

แบ่งได้ 3 ช่วงคือ

• ช่วงแรก (ก่อนเอลโดราโด) แม้ก็องดีดจะเผชิญอันตรายต่าง ๆ นานาจนแทบเอาชีวิตไม่รอด แต่เขาก็ยังคงเชื่อฟังคำสั่งสอนของอาจารย์ปองโกลศที่ว่า “ทุกสิ่งทุกอย่างที่พระผู้เป็นเจ้าประทานมาเปนไปด้วยดี” พัฒนาการของตัวละครเอกช่วงนี้เป็นไปอย่างช้า ๆ
• ช่วงที่สอง (หลังเอลโดราโด) ก็องดีดเริ่มมองโลกในแง่ร้ายมากขึ้นหลังที่ได้รู้จักกับมาร์แต็ง ซึ่งเป็นผู้มองโลกในแง่ร้าย แต่บางครั้งก็องดีดกยังกลับมามองโลกในแง่ดีแบบเก่า จะเห็นได้ว่าความเปลี่ยนแปลงทางความคิดของเขายังไม่สิ้นสุด บางครั้งเขาเชื่อตามมาร์แต็ง บางครั้งเขาเชื่อตามปองโกลศ เขายังไม่มีความคิดของตนเองโดยแท้
• ช่วงที่สาม (บทที่ 30อันเป็นบทสุดท้ายของเรื่อง) ก็องดีดมีประสบการณ์ชีวิตมากขึ้น เป็นช่วงที่เขามีพัฒนาการทางความคิดสูงสุด เขาเริ่มใช้ความคิดเห็นของตนเองแล้ว เขาปฏิเสธที่จะฟังความคิดเห็นของคนอื่น และตัดสินใจในฐานะผู้นำของผู้คนที่อยู่รอบตัวเขาให้ทุกคนร่วมกันทำงาน