ในปี ค.ศ. 1996 หลังจากการตายของสเปชก็อดซิลลา Miki Saegusa ได้เดินทางไปพบเกาะที่กำเนิดในการตรวจสอบก็อตซิลล่า และลูกชาย แต่เธอก็พบว่าทั้งเกาะถูกทำลายไป ในฮ่องกง ก็อตซิลล่าปรากฏตัว ปกคลุมไปด้วยเรืองแสงมีผื่นขึ้นเหมือนลาวา อาละวาดก่อให้เกิดความเสียหายที่สำคัญและฆ่าพลเรือนหลายพันคน กลุ่มของผู้แทนจากกองกำลังป้องกันตนเองญี่ปุ่น ว่าจ้างนักศึกษาวิทยาลัย Kenichi Yamane หลานชายของ Dr. Kyohei Yamane เข้ามาทำงานที่ศูนย์ในความพยายามที่จะคลี่คลายความลึกลับของสภาวะของก็อตซิลล่า Yamane สงสัยว่า หัวใจของก็อตซิลล่า ทำหน้าที่เป็นเครื่องปฏิกรณ์นิวเคลียร์ ที่ผ่านการหลอมละลายนิวเคลียร์ เมื่อก็อตซิลล่ามีอุณหภูมิถึง 1,200 องศาเซลเซียส เขาจะระเบิดด้วยความเร็วเพิ่มมากขึ้นกว่าทุกอาวุธนิวเคลียร์ของโลก

การปรับใช้ต่อสู้ของยานพาหนะ JSDF ที่บินติดอาวุธด้วยอาวุธเย็นต่อต้านนิวเคลียร์ในการป้องกันครั้งนี้คือ Super X ในขณะที่นักวิทยาศาสตร์สร้างสูตรใหม่สำหรับการ Oxygen Destroyer ที่ถูกสร้างขึ้นโดย Dr. Serizawa ในปี ค.ศ. 1954