ผู้นำของขบวนการอาเจะฮ์เสรีที่สำคัญรวมทั้ง ฮะซัน ดี ติโร ได้ลี้ภัยทางการเมืองไปอยู่สวีเดน กลุ่มนี้เริ่มเจรจาสันติภาพกับรัฐบาลเมื่อราว พ.ศ. 2533 โดยการประสานงานของรัฐบาลสวีเดน ใน พ.ศ. 2542 ขบวนการอาเจะฮ์เสรี แตกแยกออกเป็นสองกลุ่ม คือกลุ่มดั้งเดิม (มีอีกชื่อหนึ่งว่าแนวร่วมปลดปล่อยชาติอาเจะฮ์แห่งสุมาตรา) และกลุ่มสภาแห่งรัฐขบวนการอาเจะฮ์เสรี ในช่วง พ.ศ. 2545 – 2547 ขบวนการถูกรัฐบาลปราบปรามอย่างหนัก ผู้นำคนสำคัญ เช่น อับดุลลอหฺ ไซเฟอีย์ ถูกสังหาร เมื่อเดือนมกราคม พ.ศ. 2545

ความเสียหายที่เกิดขึ้นเนืองจากเหตุการณ์คลื่นสึนามิเมื่อ 26 ธันวาคม พ.ศ. 2547 ทำให้ขบวนการอาเจะฮ์เสรีประกาศสงบศึกเมื่อ 28 ธันวาคม พ.ศ. 2547 และยอมรับความช่วยเหลือจากรัฐบาลอินโดนีเซีย หลังจากนั้นได้มีการประชุมเจรจาสันติภาพระหว่างกันเมื่อ 27 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2548 [4]ที่ประเทศฟินแลนด์และมีการลงนามในสนธิสัญญาสันติภาพเมื่อ 15 สิงหาคม พ.ศ. 2548 โดยรัฐบาลอินโดนีเซียยอมถอนกำลังทหารและตำรวจที่ไม่ใช่ของท้องถิ่นออกไปภายในสิ้นปี พ.ศ. 2548 และนิรโทษกรรมให้สมาชิกขบวนการอาเจะฮ์เสรีราว 500 คนที่ลี้ภัยไปอยู่ต่างประเทศ และปล่อยสมาชิกอีกราว 1,400 คนที่ถูกฝ่ายรัฐบาลคุมขัง ยอมให้มีการตั้งพรรคการเมืองท้องถิ่นขึ้นในอาเจะฮ์ ต่อมา 27 ธันวาคม พ.ศ. 2548 ผู้นำของขบวนการอาเจะฮ์เสรีประกาศยกเลิกกองกำลังติดอาวุธ โดยประกาศจะเข้าร่วมกิจกรรมในสังคมเพื่อสร้างสันติภาพ

ในการเลือกตั้งเมื่อ 11 ธันวาคม พ.ศ. 2549 ขบวนการอาเจะฮ์เสรีแตกออกเป็นสองส่วน และต่างส่งผู้สมัครของตนเองลงรับเลือกตั้ง ทั้งนี้ อิรวันดี ยูซุฟที่เคยเป็นผู้เจรจาของขบวนการอาเจะฮ์เสรีได้รับการเลือกตั้ง