ในช่วงแรก สงครามกองโจรของขบวนการอาเจะฮ์เสรีไม่ประสบความสำเร็จและถูกรัฐบาลควบคุมได้ใน พ.ศ. 2520[3] ต่อมา กลุ่มได้มีการปรับองค์กรใหม่เมื่อราว พ.ศ. 2523 โดยได้รับความช่วยเหลือทางการเงินจากลิเบียและอิหร่าน แต่เนื่องจากกิจกรรมของกลุ่มไม่ได้รับการสนับสนุนอย่างกว้างขวาง การดำเนินงานของกลุ่มเป็นเหตุให้รัฐบาลซูฮาร์โตส่งทหารเข้ามาปราบปรามอย่างรุนแรงจนเกิดการละเมิดสิทธิมนุษยชนในอาเจะฮ์

ใน พ.ศ. 2539 รัฐบาลอินโดนีเซียประกาศว่ากิจกรรมของขบวนการอาเจะฮ์เสรีในอาเจะฮ์สิ้นสุดลงแล้วแต่การปราบปรามอย่างรุนแรงยังคงดำเนินต่อไป พ.ศ. 2542 มีการประกาศถอนกำลังทหารออกจากอาเจะฮ์แต่ปรากฏว่ายังมีกองทหารราว 35,000 คนในอาเจะฮ์ในสมัยรัฐบาลของนางเมกาวตี ซูการ์โนบุตรีเมื่อ พ.ศ. 2545 คาดการณ์ว่ามีผู้เสียชีวิตจากความขัดแย้งนี้ถึง 15,000 คน