ขั้นตอนวิธีเชิงพันธุกรรมนั้นจะเป็นการปรับเปลี่ยนยีนของโครโมโซมนั้นไปสู่ยีนของโครโมโซมที่ดีกว่าเดิม โดยหลักการทำงานนั้นเริ่มต้นมักจะเป็นการสุ่มยีนแต่ละตัวออกมาเป็นโครโมโซมเริ่มต้นในแต่ละรุ่นและจะทำการตรวจสอบค่าคุณภาพของโครโมโซมแต่ละตัวและทำการคัดเลือกตัวที่เหมาะสมออกมาโดยใช้ค่าความเหมาะสม (fitness) และทำให้เกิดการกลายพันธ์ (mutation) และการไขว้เปลี่ยน (cross over) ของโครโมโซมในโครโมโซมที่ได้เลือกออกมาโดยจะเป็นการสุ่มหลังจากที่เสร็จเรียบร้อยแล้วก็จะนำพันธุกรรมที่ได้ไปวนเข้ากระบวนการเดิมต่อไปเพื่อให้ได้โครโมโซมที่มีคุณภาพที่ดีที่สุดออกมาโดยขั้นตอนวิธีเชิงพันธุกรรมนั้นจำเป็นต้องมี

1. วิธีการแทนค่ายีนของผลลัพธ์ (genetic representation)
2. วิธีการหาความเหมาะสม (fitness function)

โดยทั่วไปแล้วการแทนค่ายีนนั้นจะใช้เป็นอาเรย์ของบิท (array of bits) แต่ก็สามารถใช้แบบอื่นๆตามรูปแบบของปัญหาที่ต้องการแก้ไขก็ได้เช่นกันวิธีการหาความเหมาะสมนั้นจะใช้การแทนค่ายีนมาในการคำนวณเพื่อหาคุณภาพของยีนนั้นๆ และนำคุณภาพของยีนไปหาความเหมาะสมในรุ่นนั้นๆต่อไป

การกำหนดค่าเริ่มต้น

โดยส่วนใหญ่จะทำการสุ่มค่าผลลัพธ์ของคำตอบ (ยีน) โดยจำนวนของยีนเริ่มต้นนั้นจะขึ้นกับปัญหาที่ต้องการแก้ไขว่าควรจะใช้จำนวนมากขนาดไหนแต่ตามปกติจำนวนจะประมาณหนึ่งร้อยไปจนถึงหนึ่งพันยีน และอาจจะทำการสุ่มโดยมีนัยสำคัญในการสุ่มเพื่อให้ค่าเข้าใกล้กับคำตอบได้แต่จะขึ้นอยู่กับลักษณะของปัญหานั้นๆ

การคัดเลือก

ระหว่างรุ่นของยีนแต่ละรุ่นนั้นจะมีการคัดเลือดยีนที่มีความเหมาะสมมากกว่าไปยังยีนรุ่นต่อไปโดยทำอย่างนี้เพื่อให้สามารถเข้าใกล้คำตอบของปัญหาได้มากยิ่งขึ้นโดยการคัดเลือกนั้นจะใช้การคัดเลือกโดยการใช้[ความเหมาะสม] (fitness-base) โดยการใช้ค่าของคุณภาพของยีนแต่ละตัวนำไปหาค่าความเหมาะสมได้จากกระบวนหาความเหมาะสม (fitness-function) ซึ่งจะแตกต่างกันไปตามแต่ละปัญหา หรืออาจจะใช้การสุ่มเพื่อให้เข้าถึงคำตอบได้แต่อาจจะใช้เวลาที่นานมากเกินไป

การผลิตรุ่นถัดไป

หลังจากการตัดเลือกยีนที่มีความเหมาะสมแล้วเราจะใช้ยีนเหล่านั้นในการสร้างยีนรุ่นถัดไป โดยจะใช้วิธีการทำให้เกิดการกลายพันธ์ (mutation) หรือการไขว้เปลี่ยน (cross over) โดยจะทำการคัดเลือกยีนออกมาเป็นคู่ๆแล้วทำวิธีดังที่ได้กล่าวมา ซึ่งตามทฤษฎีแล้วจะต้องได้ค่าเฉลี่ยของคุณภาพของยีนที่ดีขึ้นเนื่องจากได้ทำการคัดเลือกยีนที่มีคุณภาพดีจากรุ่นที่แล้วมาใช้นั้นเองจากการผลิตรุ่นถัดไปด้วยวิธีนี้จะทำให้ได้ยีนที่แตกต่างจากยีนเดิมและยังมีคุณภาพเฉลี่ยที่ดีขึ้นอีกด้วย วิธีการนำยีนสองตัวนั้นมาผลิตรุ่นถัดไปนั้นเป็นวิธีการเลียนแบบทางชีววิทยาแต่จากการวิจัยพบว่าถ้าใช้หลายๆยีนมาผลิตรุ่นถัดไปพบว่ามีประสิทธิภาพที่ดีกว่าแบบคู่อีกด้วย

การจบการทำงาน

กระบวนการข้างต้นนี้จะวนซ้ำไปเรื่อยๆจนกว่าจะถึงเงื่อนไขในการจบการทำงานโดยส่วนใหญ่จะเป็นดังนี้

• พบผลลัพธ์ที่อยู่ในเกณฑ์พอใจแล้ว
• ถึงรุ่นสุดท้ายที่ได้กำหนดไว้แล้ว
• ทรัพยากรที่ใช้ในการคำนวณหมดแล้ว
• พบคำตอบที่มีความเหมาะสมอยู่ในระดับสูงสุดแล้ว
• ตรวจสอบด้วยผู้ควบคุมเอง
• การนำเงื่อนไขต่างๆด้านบนต่างๆมาประยุกต์รวมกัน