สมคิด จาตุศรีพิทักษ์ พยายามผลักดันข้อตกลงดังกล่าว โดยว่าประเทศไทยจะได้รับประโยชน์ทางเศรษฐกิจคิดเป็นร้อยละ 0.12 ของจีดีพี หรือคิดเป็นมูลค่า 13,300 ล้านบาท และหากไม่เข้าร่วมจะเสียโอกาสและกระทบต่อจีดีพีที่หดตัวร้อยละ 0.25 คิดเป็นมูลค่า 26,600 ล้านบาท[14]

อย่างไรก็ดี ฝ่ายกลุ่มศึกษาข้อตกลงเขตการค้าเสรีภาคประชาชน (เอฟทีเอวอช) คัดค้านโดยระบุว่า ราคาเมล็ดพันธุ์จะแพงขึ้นเพราะเกษตรกรต้องซื้อเมล็ดพันธุ์จากบริษัทที่ผูกขาด และการศึกษาของมูลนิธิชีววิถีชี้ว่า เมื่อต้องซื้อทุกรอบเพาะปลูกจะทำให้ราคาแพงขึ้น 6–12 เท่า นอกจากนี้องค์การนอกภาครัฐที่เกี่ยวข้องกับยายังระบุว่า ข้อตกลงฯ อาจส่งผลต่อการเข้าถึงยา การพัฒนาอุตสาหกรรมยาในประเทศ ตลอดจนการผูกโยงการขึ้นทะเบียนตำรับยากับระบบสิทธิบัตร (Patent linkage) ข้อผูกมัดในบทว่าด้วยการจัดซื้อจัดจ้างโดยรัฐและทรัพย์สินทางปัญญา [14]

ในเอกสารของกระทรวงพาณิชย์ ระบุว่าความตกลงมีเงื่อนไข 30 ข้อ ซึ่งไทยปฏิบัติไม่ได้ 15 ข้อซึ่งอาจทำให้ไทยเสียเปรียบทางการค้า เช่น การยกเลิกภาษีนำเข้ากว่าร้อยละ 99 ของสินค้าทั้งหมด ฉลากเครื่องดื่มแอลกอฮอล์ การคุ้มครองการลงทุน การห้ามให้สิทธิพิเศษจัดซื้อจัดจ้างโดยรัฐแก่ผู้ประกอบการไทยเหนือกว่าสมาชิก การให้เข้าร่วมเป็นภาคีอนุสัญญาระหว่างประเทศว่าด้วยการคุ้มครองพันธุ์พืชใหม่ (UPOV1991) เป็นต้น[14]