ข้าราชการพลเรือนในสถาบันอุดมศึกษา เริ่มมีการกำหนดรูปแบบขึ้น เมื่อ พ.ศ. 2507 โดยการออกพระราชบัญญัติระเบียบข้าราชการพลเรือนในมหาวิทยาลัย พ.ศ. 2507 ขึ้น เพื่อกำหนดรูปแบบ และวิธีการต่างๆ เกี่ยวกับข้าราชการในสังกัดมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยศิลปากร และมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ให้เป็นไปในทิศทางเดียวกัน[1] ต่อมาในปี พ.ศ. 2542 คณะรัฐมนตรีได้มีมติให้จัดจ้างพนักงานทดแทนอัตราข้าราชการพลเรือนในมหาวิทยาลัย เพื่อรองรับการออกนอกระบบในปี พ.ศ. 2545 โดยให้ได้รับเงินเดือนในอัตราที่มากกว่าข้าราชการ คือ เพิ่มขึ้น 1.7 เท่า สำหรับข้าราชการ สาย ก. และเพิ่มขึ้น 1.5 เท่า สำหรับข้าราชการ สาย ข. และ สาย ค.[2]

ต่อมาในปี พ.ศ. 2547 ได้มีการตราพระราชบัญญัติระเบียบข้าราชการพลเรือนในสถาบันอุดมศึกษา พ.ศ. 2547[3] ขึ้น จึงมีการเรียกชื่อ "ข้าราชการพลเรือนในสถาบันอุดมศึกษา" แทนข้าราชการพลเรือนในมหาวิทยาลัย

ปัจจุบันไม่มีการบรรจุและแต่งตั้งข้าราชการพลเรือนในสถาบันอุดมศึกษาแล้ว โดยสถาบันอุดมศึกษาต่างๆ จะใช้การบรรจุและแต่งตั้งพนักงานมหาวิทยาลัยทดแทนอัตราข้าราชการเดิม ซึ่งพนักงานมหาวิทยาลัย มีสิทธิที่จะได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งทางวิชาการ และตำแหน่งผู้บริหารเช่นเดียวกันกับข้าราชการพลเรือนในสถาบันอุดมศึกษา[4]