คณะกรรมการร่วมค้นหาเชลยศึกและผู้สูญหายระหว่างปฏิบัติหน้าที่แบ่งออกเป็นสี่ส่วน ได้แก่ การวิเคราะห์และการสอบสวน, การกู้คืน, การระบุบุคคล และการปิดเรื่อง

การวิเคราะห์และการสอบสวน

คณะกรรมการร่วมค้นหาเชลยศึกและผู้สูญหายระหว่างปฏิบัติหน้าที่ได้ตรวจสอบนำที่เกี่ยวข้องกับชาวอเมริกันที่เสียชีวิตในการปฏิบัติหน้าที่ แต่ไม่เคยนำกลับบ้าน ซึ่งกระบวนการนี้เกี่ยวข้องกับการประสานงานอย่างใกล้ชิดกับหน่วยงานสหรัฐอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับปัญหาเชลยศึกและผู้สูญหายระหว่างปฏิบัติหน้าที่ คณะกรรมการร่วมค้นหานี้ได้ดำเนินการเจรจาทางเทคนิคและพูดคุยกับตัวแทนของรัฐบาลต่างประเทศทั่วโลกเพื่อให้แน่ใจว่ามีการรักษาหรือสร้างเงื่อนไขในประเทศในเชิงบวก สำหรับการดำเนินการสืบสวนและส่งกลับของคณะกรรมการร่วมค้นหาดังกล่าว ในทุกที่ที่ทีมงานของคณะกรรมการร่วมค้นหาได้กรีธาพลในโลกนี้ โดยหากพบหลักฐานเพียงพอ ก็จะแนะนำสถานที่สำหรับการส่งกลับ

การกู้คืน

สมาชิกกองเกียรติยศกองบัญชาการสหประชาชาติ (UNC) รับศพจากทหารกองทัพประชาชนเกาหลี ณ พื้นที่ความมั่นคงร่วม เมื่อวันที่ 6 พฤศจิกายน ค.ศ.1998ชาวลาวได้รับจ้างให้ช่วยกองทหารสหรัฐโดยร่อนแล้วขนดินจำนวนมากบนภูเขาใกล้เมืองเซโปน ประเทศลาว (เมื่อเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 2004) ภารกิจเฉพาะนี้เกี่ยวข้องกับการค้นหาซากศพมนุษย์ของลูกเรือเอฟ-4 แฟนทอม สองนายที่ตกหลังจากการทิ้งระเบิดถล่มเวียดนาม

คณะกรรมการร่วมค้นหาเชลยศึกและผู้สูญหายระหว่างปฏิบัติหน้าที่มีทีมกู้คืน 18 ทีม ซึ่งสมาชิกได้เดินทางไปทั่วโลกเพื่อส่งกลับผู้ที่หายไปจากสงครามที่ผ่านมา ทีมกู้คืนทั่วไปประกอบด้วยคน 10 ถึง 14 คน นำโดยหัวหน้าทีมและนักมานุษยวิทยานิติเวช สมาชิกคนอื่น ๆ ในทีมมักประกอบด้วยทีมสิบเอก, นักภาษาศาสตร์, เมดิค, ช่างเทคนิคช่วยชีวิต, ช่างภาพนิติเวช, ช่างเทคนิค/ผู้ปฏิบัติงานด้านการสื่อสารระบบคลื่นความถี่วิทยุ และช่างเทคนิคหน่วยทำลายล้างวัตถุระเบิด ตลอดจนมีการเพิ่มผู้เชี่ยวชาญเพิ่มเติมในภารกิจตามความจำเป็น เช่น ผู้เชี่ยวชาญด้านการปีนเขาหรือนักประดาน้ำ

ทีมดังกล่าวสำรวจพื้นที่อย่างระมัดระวังและคัดกรองดินเพื่อค้นหาซากและสิ่งประดิษฐ์ที่เป็นไปได้ทั้งหมด โดยในกรณีที่เครื่องบินตก สถานที่การกู้อาจมีขนาดค่อนข้างใหญ่

เมื่อการกู้คืนเสร็จสิ้น ทีมงานก็กลับไปที่รัฐฮาวาย โดยซากและสิ่งประดิษฐ์ทั้งหมดที่พบในระหว่างปฏิบัติการกู้คืนได้รับการส่งจากเครื่องบินทหารของสหรัฐ หรือสายการบินส่วนตัวไปยังห้องปฏิบัติการพิสูจน์รูปพรรณกลางของคณะกรรมการร่วมค้นหา ซึ่งใช้เวลาเฉลี่ย 18 เดือนในการระบุตัวตน โดยบ่อยครั้งที่อ้างถึงสถิติของ 11 ปี รวมถึงวัสดุที่ได้รับการยอมรับอย่างเอาจริงเอาจัง (โดยเจตนา) จากการหมุนเวียนของกองทัพประชาชนเกาหลีในช่วงกลางคริสต์ทศวรรษ 1990 เมื่อไม่นานมานี้ วัสดุเหล่านี้ได้เริ่มรับการระบุโดยใช้เทคนิคดีเอ็นเอที่แตกต่างกันเท่านั้น

การระบุบุคคล

เมื่อมาถึงที่ห้องปฏิบัติการ ซากและสิ่งประดิษฐ์ทั้งหมดที่กู้คืนจากสถานที่เกิดเหตุได้รับการลงนามในการดูแลของห้องปฏิบัติการพิสูจน์รูปพรรณกลาง และเก็บไว้ในพื้นที่ที่ปลอดภัย นักมานุษยวิทยานิติเวชจะวิเคราะห์ซากและสิ่งประดิษฐ์ทั้งหมดอย่างละเอียดถี่ถ้วนเพื่อระบุเพศ, เชื้อชาติ, อายุเมื่อเสียชีวิต และรูปร่างของบุคคล นักมานุษยวิทยายังวิเคราะห์การบาดเจ็บในเวลาที่เกิดขึ้นหรือใกล้เวลาที่เสียชีวิต และสภาพทางพยาธิวิทยาของกระดูก เช่น โรคข้ออักเสบหรือการพักรักษาตัวครั้งก่อน นักวิทยาศาสตร์ในห้องปฏิบัติการใช้เทคนิคต่าง ๆ ในการระบุตัวตนชาวอเมริกันที่สูญหาย รวมถึงการวิเคราะห์โครงกระดูกและฟัน, การสุ่มตัวอย่างดีเอ็นเอของไมโทคอนเดรีย (mtDNA) และการวิเคราะห์หลักฐานที่เป็นวัตถุ, ของใช้ส่วนตัว, อุปกรณ์ช่วยชีวิตสำหรับการบิน (อุปกรณ์ที่ใช้โดยลูกเรือ ได้แก่ หมวกกันน็อก, หน้ากากออกซิเจน, สายรัด ฯลฯ) หรืออุปกรณ์ทางทหารอื่น ๆ

บ่อยครั้ง สิ่งประดิษฐ์ทางการทหารและยุทโธปกรณ์ที่กู้คืนมาจะได้รับการส่งต่อไปยังห้องปฏิบัติการเครื่องมือชีววิทยาศาสตร์ (อักษรย่อ: LSEL; ซึ่งตั้งอยู่ที่ฐานทัพอากาศไรต์-แพตเตอร์สัน ในเดย์ตัน รัฐโอไฮโอ) ของกองทัพอากาศสหรัฐ เพื่อการวิเคราะห์ทางวิทยาศาสตร์และประวัติศาสตร์ขั้นสูง โดยห้องปฏิบัติการเครื่องมือชีววิทยาศาสตร์ (สถานที่อำนวยความสะดวกทางวิทยาศาสตร์ลักษณะเฉพาะในสหรัฐและทั่วโลก) มีคุณสมบัติเฉพาะตัวในการศึกษาสิ่งประดิษฐ์ยุทโธปกรณ์ที่กู้คืนมาได้ทางวิทยาศาสตร์ และกำหนดลักษณะทางนิติวิทยาศาสตร์ที่สำคัญ ซึ่งรวมถึง แต่ไม่จำกัดเพียงจำนวนกำลังพลที่ยังไม่ได้รับการรายงาน ณ จุดเกิดเหตุ (เช่น นักบิน 2 นาย), เหล่าของการรับราชการทหารที่เป็นตัวแทน (เช่น กองทัพเรือ), ประเภทยานพาหนะที่เป็นตัวแทน (เช่น รูปแบบอากาศยานเอฟ-4), กรอบเวลาที่แสดง (เช่น ค.ศ. 1967) และการแสดงระดับของการไม่อยู่รอดหรือความอยู่รอด (เช่น หลักฐานใด ๆ ของสถานะการเสียชีวิต หรือไม่ถึงตาย) ซึ่งบ่อยครั้ง ห้องปฏิบัติการเครื่องมือชีววิทยาศาสตร์สามารถให้การพิจารณากรณีที่สำคัญ (ผ่านการวิเคราะห์สิ่งประดิษฐ์อุปกรณ์ที่กู้คืน) เมื่อหลักฐานที่สำคัญอื่น ๆ (เช่น ซากศพมนุษย์ อย่างกระดูกหรือฟัน) ไม่ได้รับการกู้คืนหรือหาได้ และ/หรือไม่ได้ให้ข้อสรุปที่สำคัญใด ๆ จากการพิสูจน์ (เช่น การตรวจดีเอ็นเอ)

การปิดเรื่อง

กระบวนการกู้คืนและระบุตัวตนอาจใช้เวลาหลายปีกว่าจะเสร็จสมบูรณ์ เวลาระบุโดยเฉลี่ยของห้องปฏิบัติการพิสูจน์รูปพรรณกลางของคณะกรรมการร่วมค้นหาคือ 18 เดือน โดยไม่รวมเศษซากที่ปะปนอยู่จำนวนมากที่เกาหลีเหนือได้ส่งไป หลังจากที่ศพมาถึงห้องปฏิบัติการ หลักฐานแต่ละสายแยกได้รับการตรวจสอบที่ห้องปฏิบัติการพิสูจน์รูปพรรณกลาง (หลักฐานกระดูก, ฟัน และวัสดุ) และสัมพันธ์กับหลักฐานทางประวัติศาสตร์ทั้งหมด รายงานทั้งหมดผ่านกระบวนการตรวจสอบโดยผู้รู้เสมอกันที่ละเอียดถี่ถ้วน ซึ่งรวมถึงการตรวจสอบจากภายนอกโดยผู้เชี่ยวชาญอิสระ นอกจากนี้ หากดีเอ็นเอของไมโทคอนเดรียเป็นส่วนหนึ่งของกระบวนการ การค้นหาตัวอย่างอ้างอิงครอบครัวสำหรับการเปรียบเทียบดีเอ็นเอของไมโทคอนเดรียจะเพิ่มเวลาอย่างมากในกระบวนการระบุตัวตน เนื่องจากการสร้างฐานข้อมูลดีเอ็นเอไม่ใช่ขอบเขตของคณะกรรมการร่วมค้นหา ส่วนเคสที่เสร็จสิ้นแล้วถูกส่งไปยังสำนักงานการศพที่เหมาะสม ซึ่งสมาชิกได้แจ้งให้สมาชิกในครอบครัวที่เป็นญาติสนิททราบเป็นการส่วนตัว