คณะกรรมการร่วมค้นหาเชลยศึกและผู้สูญหายระหว่างปฏิบัติหน้าที่เป็นหน่วยรายงานโดยตรงที่ประจำอยู่ในหน่วยบัญชาการแปซิฟิกสหรัฐ ซึ่งมีกองบัญชาการตั้งอยู่ที่ฐานร่วมเพิร์ลฮาร์เบอร์–ฮิกแคม ในรัฐฮาวาย

คณะกรรมการร่วมค้นหาเชลยศึกและผู้สูญหายระหว่างปฏิบัติหน้าที่รักษากองทหารถาวรในต่างประเทศสามกอง, กองทหารเฉพาะแห่งสองกอง, ดิแอนเนกซ์, ฐานทัพอากาศออฟัต รัฐเนแบรสกา และสำนักงานประสานงานของยุโรปซึ่งตั้งอยู่ที่คลังสรรพาวุธมีเซา ประเทศเยอรมนี โดยทั้งหมดทุ่มเทให้แก่ภารกิจต่อเนื่องของการค้นหาเชลยศึกและผู้สูญหายระหว่างปฏิบัติหน้าที่ ซึ่งกองทหารแต่ละกองอยู่ภายใต้คำสั่งของนายทหารระดับสนามของกองทัพสหรัฐ

• หน่วยเฉพาะกิจที่ 1 – กรุงเทพมหานคร ประเทศไทย (สถานเอกอัครราชทูตสหรัฐประจำประเทศไทย)[2]
• หน่วยเฉพาะกิจที่ 2 – ฮานอย ประเทศเวียดนาม[3]
• หน่วยเฉพาะกิจที่ 3 – เวียงจันทน์ ประเทศลาว
• กองสืบสวนและส่งกลับ – ฐานร่วมเพิร์ลฮาร์เบอร์–ฮิกแคม เกาะโอวาฮู รัฐฮาวาย; กองนี้เป็นฐานหลักของทีมส่งกลับเมื่อไม่ได้กรีธาพล
• กองบัญชาการ – เดอะเพนตากอน อาร์ลิงตัน รัฐเวอร์จิเนีย
• คณะกรรมการร่วมค้นหาเชลยศึกและผู้สูญหายระหว่างปฏิบัติหน้าที่ แอนเนกซ์ – ฐานทัพอากาศออฟัต รัฐเนแบรสกา; คณะกรรมการร่วมค้นหาเชลยศึกและผู้สูญหายระหว่างปฏิบัติหน้าที่ แอนเนกซ์ ได้ทำการวิเคราะห์ทางมานุษยวิทยาและทันตกรรมจัดฟันเป็นประจำเพื่อระบุสมาชิกราชการที่หายไป
• สำนักงานประสานงานของยุโรป – คลังสรรพาวุธมีเซา ประเทศเยอรมนี; ช่วยอำนวยความสะดวกในการวางแผน, การดำเนินการ, การสนับสนุนด้านการส่งกำลังบำรุง และการบริหารสำหรับการปฏิบัติงานของคณะกรรมการร่วมค้นหาเชลยศึกและผู้สูญหายระหว่างปฏิบัติหน้าที่ทั้งหมด ในพื้นที่รับผิดชอบของกองบัญชาการยุโรป
• ส่วนห้องปฏิบัติการของคณะกรรมการร่วมค้นหาเชลยศึกและผู้สูญหายระหว่างปฏิบัติหน้าที่เรียกว่าห้องปฏิบัติการพิสูจน์รูปพรรณกลาง (CIL)