คณะกาปูชินเกิดขึ้นในปี ค.ศ. 1520 เมื่อภราดามัตเตโอ ดา บาชีโอ (Matteo da Bascio) ไฟรอาร์คณะฟรันซิสกันกลุ่มผู้ถือวินัย (Observant) ได้เดินทางกลับอิตาลี เขาอ้างว่าพระเจ้าได้ดลใจเขาให้รู้ว่าแนวทางที่คณะฟรันซิสกันปฏิบัติอยู่นั้นผิดไปจากที่นักบุญฟรังซิสแห่งอัสซีซีดำริไว้ เขาจึงหาทางที่จะนำคณะกลับไปสู่วิถีชีวิตแบบดั้งเดิมที่เน้นความสงบวิเวกและการชดใช้บาปอย่างที่ท่านผู้ก่อตั้งคณะได้ปฏิบัติไว้

แต่อธิการของคณะได้ขัดขวางแผนการนี้ ไฟรอาร์มัตเตโอกับเพื่อนร่วมอุดมการณ์กลุ่มแรกจำต้องหนีหลบซ่อนตัวจากผู้มีอำนาจในคริสตจักรซึ่งตามล่าตัวพวกเขาเพื่อบังคับให้เขาละทิ้งแผนการปฏิรูป แต่ก็มีนักพรตคณะ Camaldolese ให้ที่พักช่วย เพื่อแสดงความสำนึกในบุญคุณนี้ต่อมาพวกเขาจึงเปลี่ยนมาสวมฮูดหรือหมวกคลุมศีรษะ (capuccio) ตามอย่างคณะนั้นซึ่งเป็นสัญลักษณ์การแต่งกายของพวกฤๅษีในอิตาลี รวมทั้งไว้หนวดเครายาว ต่อมาชื่อของฮูดซึ่งเป็นแฮบิตของคณะจึงกลายมาเป็นชื่อคณะว่า "คณะฟรังซิสกันกาปูชิน" ในปี ค.ศ. 1528 ไฟรอาร์ มัตเตโอ ได้รับพระอนุญาตจากสมเด็จพระสันตะปาปาเคลเมนต์ที่ 7 ให้ดำรงชีวิตอย่างฤๅษีได้ รวมทั้งสามารถจาริกไปได้ทุกที่เพื่อเทศน์ให้คนยากไร้ การอนุญาตนี่ไม่ได้มีผลเฉพาะมัตเตโอแต่รวมถึงผู้อื่นที่ร่วมการปฏิรูปนี้ด้วย จึงมีผู้เข้าร่วมการปฏิรูปกับภราดามัตเตโอจำนวนมาก คณะฟรันซิสกันที่ถูกมัตเตโอกับเพื่อนร่วมกันปฏิรูปนี้ต่อมาได้กลายเป็นคณะนักบวชคาทอลิกอีกคณะหนึ่ง ตอนแรกใช้ชื่อว่าคณะภราดาน้อยฤๅษี (Hermit Friars Minor) และเป็นส่วนหนึ่งของคณะภราดาน้อยคอนเวนชวล แต่มีวิคาร์เป็นอธิการปกครองคณะโดยเฉพาะ โดยยังขึ้นต่ออัคราธิการของคณะฟรันซิสกันคอนเวนชวล ในช่วงนี้กลุ่มผู้ถือวินัย (คือคณะฟรันซิสกันกลุ่มดั้งเดิม) ยังคงต่อต้านขบวนการปฏิรูปอยู่อย่างต่อเนื่อง