ตามประกาศมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒฉบับที่ 10/2559 เรื่อง การแบ่งหน่วยงานภายในของส่วนงาน พ.ศ. 2559 นั้น ได้มีการแบ่งหน่วยงานในคณะวิศวกรรมศาสตร์เป็น 9 หน่วยงาน ดังนี้

1. สำนักงานคณบดี
2. ภาควิชาวิศวกรรมเคมี
3. ภาควิชาวิศวกรรมเครื่องกล
4. ภาควิชาวิศวกรรมไฟฟ้า
5. ภาควิชาวิศวกรรมโยธาและสิ่งแวดล้อม
6. ภาควิชาวิศวกรรมอุตสาหการ
7. ภาควิชาวิศวกรรมชีวการแพทย์ ซึ่งก่อตั้งเป็นสาขาทางวิศวกรรมศาสตร์ ระดับปริญญาตรี ซึ่งเป็นสถาบันการศึกษาที่ 2 ของประเทศไทยในการจัดตั้งให้มีสาขาวิศวกรรมชีวการแพทย์ รองจาก มหาวิทยาลัยมหิดล
8. ภาควิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์ แยกจากภาควิชาวิศวกรรมไฟฟ้า ในปีการศึกษา 2556
9. ศูนย์แห่งความยอดเยี่ยมทางวิศวกรรมเพื่อความยั่งยืน

แต่ตามในเว็บไซต์คณะวิศวกรรมศาสตร์ยังมี International School of Engineering อีกด้วย