• พ.ศ. 2538 โครงการจัดตั้งคณะสัตวแพทยศาสตร์ (Faculty of Veterinary Science) เป็นโครงการจัดตั้งหน่วยงานใหม่ระดับคณะ ที่กำหนดไว้ในแผนพัฒนาระดับอุดมศึกษา ระยะที่ 7 และระยะที่ 8 ซึ่งอยู่ในความรับผิดชอบของสำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยมหิดล โดยมีศาสตราจารย์ นายแพทย์สมพล พงศ์ไทย ซึ่งดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโครงการจัดตั้งคณะสัตวแพทยศาสตร์ฯ และศาสตราจารย์ นายสัตวแพทย์พีระศักดิ์ จันทรประทีป ซึ่งดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์การแพทย์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ได้รับการแต่งตั้งจากอธิการบดี ให้มาดำรงตำแหน่งเป็นที่ปรึกษามหาวิทยาลัยมหิดล ด้านการจัดการเรียนการสอนและการจัดตั้งคณะสัตวแพทยศาสตร์ ตั้งแต่วันที่ 17 พฤษภาคม2539-16 พฤษภาคม 2541 โดยมีสัตวแพทย์ผู้ประสานงานดำเนินการร่วมก่อตั้งประจำโครงการ 3 ท่าน คือ อ.น.สพ.บรรลือ กรมาทิตย์สุข อ.น.สพ.จิตรกมล ธนศักดิ์ และ อ.น.สพ.กัมพล แก้วเกษ
• พ.ศ. 2540 มีการประกาศให้ตั้ง คณะสัตวแพทยศาสตร์ ในพระราชกฤษฎีกา จัดตั้งส่วนราชการใน มหาวิทยาลัยมหิดล [1]
• พ.ศ. 2541 ทบวงมหาวิทยาลัยได้พิจารณารับทราบให้ความเห็นชอบหลักสูตรสัตวแพทยศาสตรบัณฑิต (หลักสูตรใหม่ พ.ศ. 2541) ซึ่งมีศาสตราจารย์ นายสัตวแพทย์พีระศักดิ์ จันทรประทีป เป็นประธานอนุกรรมการจัดทำหลักสูตรฯ
• พ.ศ. 2542 ผศ.น.สพ.ปานเทพ รัตนากร ดำรงตำแหน่งคณบดีคนแรกของคณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ซึ่งเป็นปีเดียวกับที่คณะสัตวแพทยศาสตร์ได้มีนักศึกษาสาขาสัตวแพทยศาสตร์รุ่นแรก

ปัจจุบันคณะสัตวแพทยศาสตร์ประกอบด้วยอาคาร ทั้งสิ้น 2 อาคาร คือ อาคารเรียนและปฏิบัติการรวมด้านสัตวศาสตร์และสัตวแพทยศาสตร์ ซึ่งเป็นอาคาร 9 ชั้น เพื่ออำนวยความสะดวกในด้านการเรียนการสอนสำหรับนักศึกษารวมถึงสำนักงานคณบดี ด้วย และมีอาคารเรียนและปฏิบัติการรวมด้านคลินิกสัตวแพทย์และสัตวศาสตร์ประยุกต์ หรือโรงพยาบาลสัตว์เพื่อประโยชน์ในด้านการฝึกปฏิบัติสำหรับนักศึกษาและ บริการทางวิชาการแก่สังคมต่อไป นอกจากนี้ คณะสัตวแพทยศาสตร์ยังมีอาคารเรียนและปฏิบัติการรวมทางด้านสัตวแพทยศาสตร์ที่เกี่ยวกับปศุสัตว์และสัตว์ป่า ณ มหาวิทยาลัยมหิดล วิทยาเขตกาญจนบุรี[2]

ปรัชญา ประสานและประยุกต์วิชาการสัตวแพทยศาสตร์ แพทยศาสตร์ และศาสตร์แขนงอื่นๆ อย่างรอบด้านเข้าเป็นหนึ่ง (One Medicine) เพื่อยังประโยชน์สูงสุดต่อสุขภาพมนุษย์ สัตว์ และสิ่งแวดล้อม (One Health)

ปณิธาน มุ่งผลิตบัณฑิตสัตวแพทย์ อาจารย์สัตวแพทผ์และสัตวแพทย์ผู้เชี่ยวชาญเฉพาะทางที่มีคุณภาพ คุณธรรมและจริยธรรม โดยสามารถประสานและประยุกต์ใช้วิชาการสัตวแพทย์และการแพทย์ เพื่อสนองความต้องการด้านสาธารณสุขและสิ่งแวดล้อมของประเทศ 

วิสัยทัศน์ เป็นองค์กรชั้นนำและศูนย์กลางการเรียนรู้ระดับนานาชาติในด้านสัตวแพทย์และสัตวศาสตร์ประยุกต์

พันธกิจ

 - พัฒนาระบบและกลไกการบริหารและพัฒนาทรัพยากรบุคคลเพื่อการขับเคลื่อนสู่การบรรลุวิสัยทัศน์   

- เสริมสร้างและเผยแพร่ความรู้และวิชาการด้านสวัสดิภาพสัตว์ทั้งในและนอกระบบการศึกษาของชาติ    

- เป็นศูนย์กลางการเรียนรู้และการศึกษาวิจัยด้านสุขภาวะสัตว์ระดับประเทศและระดับเอเชีย  

- เป็นผู้ชี้นำสังคมและให้ข้อมูลวิชาการด้านสัตวแพทย์ให้แก่ทุกภาคส่วนเพื่อความเข้าใจที่ถูกต้อง    

- ให้การศึกษาต่อเนื่องแก่สัตวแพทย์และบุคคลภายนอกที่เกี่ยวข้องในประเทศและภูมิภาค    

- เป็นศูนย์กลางการตรวจวินิจฉัย วิจัย ติดตาม และเฝ้าระวังโรคสัตว์สู่คนและโรคอุบัติใหม่ อันมีผลต่อการสาธารณสุขและสุขภาพสัตว์โดยรวม    

- เป็นศูนย์รับการส่งต่อทางสัตวแพทย์ เพื่อให้บริการตรวจวินิจฉัยรักษาโรคสัตว์ในระดับซับซ้อนด้วยบุคลากรที่ทรงประสิทธิภาพและอุปกรณ์อันทันสมัยแก่สังคม