คณะสัตวแพทยศาสตร์ ได้สร้างโรงพยาบาลสัตว์ขึ้น เพื่อเป็นแหล่งฝึกปฏิบัติงานทางคลินิกของนิสิตตามหลักสูตรสัตวแพทยศาสตรบัณฑิต และสาขาที่เกี่ยวข้อง ปัจจุบัน คณะสัตวแพทยศาสตร์ มีโรงพยาบาลสัตว์ 4 แห่ง ได้แก่

• โรงพยาบาลสัตว์ คณะสัตวแพทยศาสร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ บางเขน ตั้งอยู่ที่ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ บางเขน
• โรงพยาบาลสัตว์ คณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ กำแพงแสน ตั้งอยู่ที่ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน
• โรงพยาบาลสัตว์ คณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ หนองโพ ตั้งอยู่ที่ อำเภอโพธาราม จังหวัดราชบุรี
• โรงพยาบาลสัตว์ คณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ หัวหิน ตั้งอยู่ที่ อำเภอหัวหิน จังหวัดประจวบคีรีขันธ์

สำหรับการให้บริการนั้น โรงพยาบาลสัตว์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ได้รับรางวัลดีเด่นนวัตกรรมการให้บริการ "งานบริการรักษาสัตว์ให้ได้มาตรฐานระดับชาติและนานาชาติ"จากสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ

โรงพยาบาลสัตว์คณะสัตวแพทยศาสร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตบางเขน โรงพยาบาลสัตว์คณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน และโรงพยาบาลสัตว์คณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ หนองโพ เป็นหน่วยงานราชการของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ มีฐานะเทียบเท่าภาควิชาของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์