เมื่อปี พ.ศ. 2497 มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ได้รับโอนคณะสัตวแพทยศาสตร์ จากมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์  (มหาวิทยาลัยมหิดลในปัจจุบัน) เนื่องจากรัฐบาลมีนโยบายที่จะปรับปรุงการศึกษาสาขาวิชาสัตวแพทยศาสตร์ให้ก้าวหน้า และสอดคล้องกับวิชาสัตวบาล ซึ่งทำการเรียนการสอนอยู่ในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ก่อนแล้ว ในปี พ.ศ. 2500 ทางคณะได้ปรับปรุงหลักสูตรสัตวแพทยศาสตร์ จากเรียน 5 ปีมาเป็น 6 ปี โดยศึกษาเตรียมสัตว์แพทย์ที่มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ จากนั้นศึกษาระดับปรีคลินิกและคลินิกที่คณะสัตวแพทย์ศาสตร์ ในพื้นที่เดิมของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย

ต่อมาในปี พ.ศ. 2507 จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ได้ทำเรื่องถึงมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เพื่อขอโอนคณะสัตวแพทยศาสตร์ซึ่งยังคงตั้งอยู่ในบริเวณพื้นที่ของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย กลับคืนมาอยู่กับจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยเช่นเดิม แต่ทางสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ไม่เห็นด้วย จึงเตรียมสร้างอาคารสัตวแพทยศาสตร์ ณ บริเวณเกษตรกลางบางเขน เพื่อเตรียมย้ายออกจากพื้นที่ของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย แต่คณะสัตวแพทยศาสตร์ ทำเรื่องไม่ขอย้ายออกจากที่ตั้งเดิม ในเวลานั้นมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์มีแผนขยายงานของมหาวิทยาลัยไปที่อำเภอกำแพงแสน จังหวัดนครปฐม จึงมีมติที่จะย้ายคณะสัตวแพทยศาสตร์ ซึ่งยังอาศัยที่ดินของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยอยู่ ไปดำเนินการที่วิทยาเขตกำแพงแสน

ต่อมาคณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ได้ทำเรื่องขอโอนกลับไปสังกัดจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เพื่อตั้งเป็นคณะสัตวแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยในปี 2515 ดังนั้นมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ จึงได้เปิดดำเนินการเรียนการสอนของคณะสัตวแพทยศาสตร์ขึ้น โดยพัฒนาอาคารของคณะที่ตั้งอยู่บริเวณบางเขน และวิทยาเขตกำแพงแสน ให้เป็นคณะสัตวแพทยศาสตร์อย่างเต็มรูปตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา