คณะสาธารณสุขศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร มีประวัติในการก่อตั้ง ดังนี้

• พ.ศ. 2538 เริ่มแรกมหาวิทยาลัยนเรศวร เปิดสอนหลักสูตรสาธารณสุขศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาสาธารณสุขศาสตร์ (ต่อเนื่อง 2 ปี) โดยสังกัดภาควิชาเวชศาสตร์ชุมชน คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
• พ.ศ. 2540 เปิดสอนหลักสูตรสาธารณสุขศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาสาธารณสุขศาสตร์ หลักสูตรร่วม 4 ปี โดยจัดการเรียนการสอนร่วมกับวิทยาลัยการสาธารณสุขสิรินธร พิษณุโลก กระทรวงสาธารณสุขเพิ่มเติม โดยโครงการร่วมดังกล่าวสังกัดภาควิชาเวชศาสตร์ชุมชน คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
• พ.ศ. 2545 เปิดสอนในระดับบัณฑิตศึกษา หลัดสูตรสาธารณสุขศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาสาธารณสุขศาสตร์ ในมหาวิทยาลัยนเรศวร จังหวัดพิษณุโลก และมหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา จังหวัดพะเยา
• พ.ศ. 2546 ต่อมาสภามหาวิทยาลัยนเรศวรได้มีมติเห็นชอบได้รับการจัดตั้งเป็น คณะสาธารณสุขศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร และได้ดำเนินการจัดการเรียนการสอนทั้งหมด ณ คณะสาธารณสุขศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร

โดยคณะสาธารณสุขศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร มุ่งหวังเพื่อเป็นสถาบันการศึกษาการสาธารณสุขผู้นำด้านการสร้างเสริมสุขภาพ การสาธารณสุขและการแพทย์แผนไทยประยุกต์ของภูมิภาคเขตภาคเหนือตอนล่าง โดยผลิตบัณฑิตและพัฒนาบุคลากรด้านสาธารณสุขให้มีความรู้ มีคุณธรรม จริยธรรม พัฒนางานวิจัย บริการวิชาการสมัยใหม่อย่างบูรณาการที่เป็นที่ยอมรับในระดับชาติและนานาชาติ