เมื่อ พ.ศ. 2550 สำนักวิชาวิทยาศาสตร์การแพทย์ มหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา จัดตั้งขึ้นเพื่อขยายโอกาสทางการศึกษาให้กับเขตพื้นที่ภาคเหนือตอนบน ซึ่งครอบคลุม 6 จังหวัด ได้แก่ พะเยา เชียงราย แม่ฮ่องสอน ลำปาง ลำพูน และน่าน ปีนั้นมีการเปิดรับนักศึกษารุ่นแรกใน 3 สาขาวิชา คือ เทคนิคการแพทย์ กายภาพบำบัด และสาธารณสุขศาสตร์

ต่อมาได้มีการปรับเปลี่ยนโครงสร้างการบริหารงานภายในวิทยาเขต เตรียมพร้อมเป็นมหาวิทยาลัยเอกเทศ ได้เปลี่ยนชื่อ มหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา เป็น มหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา พร้อมจัดตั้งสำนักวิชาสหเวชศาสตร์ แยกตัวออกจากสำนักวิชาวิทยาศาสตร์การแพทย์ เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ.2551 สำนักวิชาสหเวชศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา ทำหน้าที่ผลิตบัณฑิตอันได้แก่ เทคนิคการแพทย์ กายภาพบำบัด สาธารณสุขศาสตร์ และวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการกีฬา

หลังจากนั้นสาขาวิชาสาธารณสุขศาสตร์ได้แยกตัวออกจากสำนักวิชาสหเวชศาสตร์ จัดตั้งสำนักวิชาแพทยศาสตร์ขึ้น เมื่อวันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2551 เพื่อผลิตบัณฑิตด้านการแพทย์และการสาธารณสุข และเริ่มจัดการเรียนการสอนนิสิตสาขาวิชาสาธารณสุขศาสตร์ แขนงวิชาอนามัยชุมชน และแขนงวิชาอนามัยสิ่งแวดล้อม และสาขาวิชาอาชีวอนามัยและความปลอดภัย ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2549 และเริ่มจัดการเรียนการสอนนิสิตสาขาวิชาการแพทย์แผนไทยประยุกต์ ในปีการศึกษา 2553 ต่อมาเมื่อวันที่ 16 กรกฎาคม พ.ศ. 2553 ได้ยกฐานะขึ้นเป็น คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยพะเยา

ตามมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยพะเยา ครั้งที่ 7/2563 เมื่อวันเสาร์ที่ 31 ตุลาคม 2563 มีมติมอบให้คณะแพทยศาสตร์ ดำเนินการจัดทำโครงสร้างของคณะแพทยศาสตร์ โดยให้แยกหลักสูตรสาขาสาธารณสุขศาสตร์ออกจากหลักสูตรคณะแพทยศาสตร์ และนำเสนอที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยพิจารณาในคราวประชุมครั้งถัดไป ดังนั้น เพื่อให้เกิดการดำเนินงานของคณะแพทยศาสตร์ และการดำเนินงานของหลักสูตรกลุ่มสาธารณสุขศาสตร์เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ เกิดความคล่องตัวในการบริหารจัดการ จึงขออนุมัติแยกสำนักงานสาธารณสุขศาสตร์ ออกจากคณะแพทยศาสตร์ และจัดตั้งเป็นคณะสาธารณสุขศาสตร์ เพื่อผลิตบัณฑิตด้านสาธารณสุขศาสตร์และวิทยาศาสตร์สุขภาพ ในการพัฒนาคุณภาพชีวิตของประชาชนในชุมชน สังคม และท้องถิ่น ให้ก้าวทันกับการเปลี่ยนแปลงของสังคมฐานความรู้ (Knowledge based society) และระบบภูมิปัญญาสุขภาพท้องถิ่น (Wisdom for Local Health System) การจัดการเรียนการสอนจะนำปัญหาเป็นหลักในการเรียนรู้ (Problem - based leaning) และใช้ชุมชนเป็นฐาน (Community - based leaning) เพื่อเป็นการเพิ่มศักยภาพในการบริหารจัดการให้มีขีดความสามารถเพียงพอต่อการบริหารการดำเนินงานทางด้านวิชาการให้นิสิตมีศักยภาพสอดรับกับพระราชบัญญัติวิชาชีพการสาธารณสุขชุมชน พ.ศ. 2556 โดยมีหลักสูตรที่จัดการเรียนการสอนภายใต้คณะสาธารณสุขศาสตร์ จำนวน 8 หลักสูตร ดังนี้

• 1) หลักสูตรประดับปริญญาตรี จำนวน 6 หลักสูตร ประกอบด้วย
  • 1.1) หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาอนามัยชุมชน
  • 1.2) หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาอนามัยสิ่งแวดล้อม
  • 1.3) หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาอาชีวอนามัยและความปลอดภัย
  • 1.4) หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการส่งเสริมสุขภาพ
  • 1.5) หลักสูตรการแพทย์แผนไทยประยุกต์บัณฑิต
  • 1.6) หลักสูตรการแพทย์แผนจีนบัณฑิต
• 2) หลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษา จำนวน 2 หลักสูตร ประกอบด้วย
  • 2.1) หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรมหาบัณฑิต
  • 2.2) หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรดุษฎีบัณฑิต