คณะสาธารณสุขศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ จากโครงการจัดตั้งวิทยาเขตสุพรรณบุรี เพื่อเปิดการเรียนการสอนด้านการแพทย์-สาธารณสุข แต่ประสบปัญหาด้านงบประมาณ จึงทำให้โครงการจัดตั้งวิทยาเขตสุพรรณบุรีประสบปัญหาการจัดตั้งคณะเพื่อทำการเรียนการสอนเปิดสอนได้เพียง หลักสูตรต่อเนื่อง สาธารณสุขศาสตรบัณฑิต 2 ปี ภายหลังได้ถูกทักท้วงจากสำนักงานคณะกรรมการอุมศึกษา (สกอ.)ว่า มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์เป็นมหาวิทยาลัยขนาดใหญ่และมีชื่อเสียงไม่ควรเปิดหลักสูตรต่อเนื่อง ทางโครงการจัดตั้งวิทยาเขตสุพรรณบุรีจึงได้หยุดรับนิสิตในหลักสูตรนี้ตั่งแต่หลัง รุ่น 9[4] และทางวิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติจังหวัดสกลนครได้เสนอเปิดการเรียนการสอน หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรบัณฑิต 4 ปี พร้อมทั้งเสนอจัดตั้งเป็นคณะสาธารณสุขศาสตร์เมื่อมีความพร้อม สำหรับหลักสูตร ณ วิทยาเขตสุพรรณบุรีนั้น จะปรับมาใช้เป็นการรับเทียบโอนผู้ที่สำเร็จการศึกษาด้านการสาธารณสุข (อนุปริญญา)เพื่อเรียนในชั้นปีที่ 3-4 (2 ปี) แทนหลักสูตรต่อเนื่อง สาธารณสุขศาสตรบัณฑิต 2 ปี โดยใช้หลักสูตรเดียวกับวิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติจังหวัดสกลนคร โครงการจัดตั้งคณะสาธารณสุขศาสตร์ ดำเนินการภายใต้คณะวิทยาศาสตร์และวิศวกรรมศาสตร์ มีสถานะเป็นภาควิชา เปิดสอนในสอง แขนงวิชา แขนงวิชาอนามัยชุมชน แขนงวิชาอนามัยสิ่งแวดล้อม

ปี พุทธศักราช 2556 โครงการจัดตั้งคณะสาธารณสุขศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ (ภาควิชาสาธารณสุขศาสตร์) คณะวิทยาศาสตร์และวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ได้รับการอนุมัติใจากสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ห้เป็นคณะวิชา สังกัดวิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติจังหวัดสกลนคร เมื่อวันที่ 29 เมษายน 2556 และมีประกาศสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ลงวันที่ 2 พฤษภาคม พ.ศ. 2556[5]ปี พุทธศักราช 2557 คณะสาธารณสุขศาสตร์ ได้มีสองภาควิชา คือ ภาควิชาอนามัยชุมชน รับผิดชอบหลักสูตรสาธารณสุขศาสตรบัณฑิต และหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาอนามัยสิ่งแวดล้อม และมีแผนการเปิดหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาอาชีวอนามัยและความปลอดภัย และภาควิชาบริหารงานสาธารณสุข หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรมหาบัณฑิต