เมื่อปี 1798 ฐานที่มั่นของกลุ่มในมอลตาถูกนโปเลียนยึดในระหว่างการขยายอิทธิพลไปอียิปต์ของนโปเลียน ทางกลุ่มพยายามเจรจาต่อรองกับยุโรปเพื่อที่จะกลับคืนสู่อำนาจอีกครั้ง พระเจ้าซาร์แห่งรัสเซียจึงมอบที่หลบภัยให้พวกอัศวินในเมือง เซนต์ปีเตอร์สเบิร์ก ต่อมาในช่วงปี 1800 ทางกลุ่มก็อ่อนแอลงเรื่อย ๆ เนื่องจากสูญเสียสมาชิกในยุโรป และตกต่ำจนถึงที่สุด

ด้วยการสนับสนุนจากพระสันตะปาปาลีโอที่ 13 ทางกลุ่มก็ฟื้นคืนชีพขึ้นมาอีกครั้งในปี 1834 และมีศูนย์บัญชาการในกรุงโรมและเป็นที่รู้จักในชื่อ คณะทหารองค์อธิปัตย์แห่งมอลตา (Sovereign Military Order of Malta)