คณะเกษตร เป็นหนึ่งในสี่คณะแรกตั้งของมหาวิทยาลัย และยังเป็นคณะเกษตรแห่งแรกของประเทศไทยด้วย[1] ก่อตั้งขึ้นพร้อมกับการสถาปนามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เมื่อปี พ.ศ. 2486[2] โดยใช้ชื่อว่า "คณะเกษตรศาสตร์" โดยเปิดสอนในหลักสูตรกสิกรรมและสัตวบาลเป็นหลักสูตรแรก[3] ต่อมา ในปี พ.ศ. 2497 ได้เปลี่ยนชื่อคณะเป็น " คณะกสิกรรมและสัตวบาล" โดยเพิ่มแผนกเศรษฐศาสตร์ขึ้นอีก 1 แผนก[4] ในระยะได้มีการเปิดสอนระดับปริญญาโทเป็นครั้งแรก ในหลักสูตรกสิกรรมและสัตวบาลมหาบัณฑิต สาขาวิชาสัตวบาล และ ในปี พ.ศ. 2509 ได้เปลี่ยนชื่อเป็น "คณะเกษตร"[5] เมื่อมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ได้ขยายการใช้พื้นที่เต็มกำลังและประสิทธิภาพในพื้นที่วิทยาเขตบางเขนแล้ว จึงได้มีการขยายมายังวิทยาเขตกำแพงแสน จังหวัดนครปฐม โดยได้นำเอานิสิตชั้นปีที่ 3 และ 4 มาเรียน ณ วิทยาเขตกำแพงแสน เริ่มเปิดการเรียนการสอนในวันที่ 12 พศจิกายน 2522 และ ในปีการศึกษา 2538 ได้ย้ายนำนิสิตชั้นปีที่ 1 มาเรียน ณ วิทยาเขตกำแพงแสน

พ.ศ. 2546 แยกคณะเกษตร มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ออกเป็น 2 คณะคือ คณะเกษตร (อยู่ ณ วิทยาเขตบางเขน) และคณะเกษตร กำแพงแสน แล้วมีการเสนอให้ใช้ชื่อใหม่ว่า คณะเกษตรอุตสาหกรรม แต่ไม่ผ่านสภามหาวิทยาลัย จึงได้ใช้ชื่อที่สภามหาวิทยาลัยประกาศมาก่อนหน้านั้น (คณะเกษตร กำแพงแสน)[6]

พ.ศ. 2554 คณะเกษตร กำแพงแสน ได้ดำเนินการสรรหาชื่อใหม่คณะคือ คณะวิทยาการเกษตร (Faculty of Agricultural Science) ได้เสนอต่อสภามหาวิทยาลัย ได้รับการอนุมัติชื่อ คณะวิทยาการเกษตร แต่ให้คณะกลับไป พิจารณาชื่อในภาษาอังกฤษมาใหม่ที่ประชุมคณะได้ยืนยันที่จะใช้ชื่อในภาษาอังกฤษตามที่เคย ทางสภามหาวิทยาลัยได้พิจารณาให้กลับไปใช้ชื่อ คณะเกษตรกำแพงแสน