คณะเกษตร กำแพงแสน มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์มีหน่วยงานในสังกัดประกอบด้วย 8 ภาควิชา 1 สำนักงานเลขานุการ ส่วนสาขาวิชาจะอยู่สังกัดภายใต้คณะ ซึ่งจำแนกได้ดังนี้

พิพิธภัณฑ์แมลง

พิพิธภัณฑ์แมลง อยู่ที่ชั้น 1 อาคารภาควิชากีฏวิทยา-โรคพืช คณะเกษตรกำแพงแสน มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ อำเภอกำแพงแสน จังหวัดนครปฐม พิพิธภัณฑ์แมลงเป็นการจัดแสดงแบบแมลงชนิดต่างๆ จำแนกตามชนิดต่าง ๆ

คลินิคสุขภาพพืช

เป็นหน่วยงานในภายวิชาโรคพืชตั้งอยู่ภายในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน รับผิดชอบ/ให้บริการตรวจวินิจฉัยโรคพืช