คณะเกษตรศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น จัดตั้งขึ้นเพื่อสนองความต้องการเร่งด่วนในการผลิตบุคลากรที่มีความรู้ความสามารถในทางเทคโนโลยีการเกษตรแผนใหม่ เพื่อการพัฒนาภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ตามมติของคณะกรรมการพัฒนาภาคตะวันออกเฉียงเหนือเมื่อ พ.ศ. 2505[2]

คณะเกษตรศาสตร์ได้เริ่มรับนักศึกษารุ่นแรกเมื่อวันที่ 24 มิถุนายน พ.ศ. 2507 มีนักศึกษาทั้งสิ้น 49 คน ซึ่งการเรียนการสอนในสองปีแรกนั้น ใช้สถานที่ของคณะวิทยาศาสตร์การแพทย์ มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ (ในปัจจุบันคือ มหาวิทยาลัยมหิดล) อาจารย์ผู้สอนส่วนใหญ่เป็นอาจารย์มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และอาจารย์จากคณะวิทยาศาสตร์การแพทย์ มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์[3]

เมื่อต้นเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2509 ซึ่งเป็นปีการศึกษาที่ 3 อาจารย์และนักศึกษาทั้งหมดของคณะฯ ก็ได้ย้ายมาศึกษาที่จังหวัดขอนแก่น ณ บริเวณที่ตั้งของมหาวิทยาลัยขอนแก่นในปัจจุบัน โดยใช้สถานที่ของตึกคณะวิทยาศาสตร์และอักษรศาสตร์เป็นทั้งห้องเรียนและห้องทำงานอาจารย์ ต่อมารัฐบาลนิวซีแลนด์ ซึ่งได้ให้ความช่วยเหลือในการจัดตั้งคณะเกษตรศาสตร์มาตั้งแต่ต้น ได้อนุมัติเงินเป็นค่าก่อสร้างตึกคณะฯ ได้มีการประกอบพิธีวางศิลาฤกษ์อาคารเมื่อวันที่ 14 พฤศจิกายน พ.ศ. 2509 โดย Sir Stephen Wire เอกอัครราชทูตนิวซีแลนด์ ประจำประเทศไทย[4]

ตึกคณะเกษตรศาสตร์สำเร็จเรียบร้อยในปี พ.ศ. 2510 และได้ใช้เป็นสถานที่ทำพิธีเปิดมหาวิทยาลัยขอนแก่น ซึ่งพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวและสมเด็จพระบรมราชินีนาถ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ เสด็จพระราชดำเนินมาทรงเป็นประธานประกอบพิธี เมื่อวันที่ 20 ธันวาคม พ.ศ. 2510

คณะเกษตรศาสตร์ได้ดำเนินการสอนนักศึกษาในภาควิชาต่างๆ เพื่อผลิตบัณฑิตทางการเกษตรที่มีความรู้ความสามารถในด้านเกษตรทั่วไป และมีความสามารถเฉพาะสาขา และมีหน้าที่ทำการดำเนินงานวิจัยทางการเกษตร เพื่อส่งเสริมความก้าวหน้าทางวิชาการ อันจะเป็นประโยชน์ทั้งต่อการสอน การพัฒนาประเทศ โดยเฉพาะเพื่อเป็นแนวทางในการพัฒนายกระดับการเกษตรในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ