คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 7 มิถุนายน พ.ศ. 2511 ในยุคของมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ ซึ่งแรกก่อตั้งใช้ชื่อว่า คณะเภสัชศาสตร์ พญาไท มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ เนื่องจากในเวลานั้นมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ได้โอนย้ายสังกัดคณะเภสัชศาสตร์จากจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยมาก่อนหน้าแล้ว (คณะเภสัชศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ในปัจจุบัน) ต่อมาในปี พ.ศ. 2512 มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ได้เปลี่ยนชื่อเป็น "มหาวิทยาลัยมหิดล" จึงได้เปลี่ยนชื่อเป็น "คณะเภสัชศาสตร์ พญาไท มหาวิทยาลัยมหิดล" ในปี พ.ศ. 2515 ได้โอนคณะเภสัชศาสตร์เดิม ที่ถูกโอนจากจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยในสมัยมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์กลับไปสังกัดจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย จึงตัดสร้อย "พญาไท" ของคณะใหม่ออกกลายเป็น "คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล" เช่นในปัจจุบันคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ได้จัดตั้งขึ้นตามนโยบายของรัฐบาลในขณะนั้นที่ขาดแคลนกำลังเภสัชกรในประเทศ จึงได้บรรจุแผนพัฒนาคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดลในแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ฉบับที่ 2 โดยมี เภสัชกร อาจารย์ ประดิษฐ์ โลหุตางกูร เป็นผู้ก่อตั้ง และให้นายแพทย์ชัชวาล โอสถานนท์ ผู้บัญชาการมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์และรักษาการคณบดีคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ (ปัจจุบันสังกัดจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย) นั้นดำรงตำแหน่งรักษาการคณบดีคณะเภสัชศาสตร์ พญาไท มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์อีกตำแหน่งหนึ่งปัจจุบันคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล จัดการเรียนการสอนโดยแบ่งออกเป็น 10 ภาควิชา ทั้งในระดับปริญญาตรี ปริญญาโท และปริญญาเอก ในระดับปริญญาตรีเปิดทำการสอนในหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต ใช้ระยะเวลาในการศึกษา 6 ปี นอกจากนี้ทางคณะฯ ยังส่งเสริมงานวิจัยของคณาจารย์และนักศึกษา ตลอดจนความร่วมมือทางวิชาการเภสัชศาสตร์ทั้งในและต่างประเทศอีกด้วย