คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี เป็นคณะเภสัชศาสตร์ของรัฐ ลำดับที่ 8 และเป็นคณะวิชาทางด้าน วิทยาศาสตร์สุขภาพ คณะแรกของมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี ได้รับอนุมัติจากทบวงมหาวิทยาลัยให้จัดตั้งเป็นคณะเภสัชศาสตร์ เมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม พ.ศ. 2536 และมีพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งคณะเภสัชศาสตร์ ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 111 ตอนที่ 21 ก. เมื่อวันที่ 3 มิถุนายน พ.ศ. 2537 สำหรับหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต ระยะเวลาการศึกษา 5 ปี ได้รับความเห็นชอบจาก ทบวงมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 13 พฤษภาคม พ.ศ. 2536 และสำนักงาน ก.พ.รับรองคุณวุฒิปริญญาเภสัชศาสตรบัณฑิตของ มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี เมื่อวันที่ 30 มิถุนายน พ.ศ. 2536 ในปี 2551 ได้ดำเนินการปรับหลักสูตรเป็นหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต ซึ่งมีระยะเวลาการศึกษา 6 ปี ให้สอดคล้องกับเกณฑ์การจัดการเรียนการสอนที่กำหนดโดยสภาเภสัชกรรมแห่งประเทศไทย และเริ่มเปิดรับนักศึกษา ตั้งแต่ปีการศึกษา 2552 เป็นต้นไปคณะเภสัชศาสตร์ได้ปฏิบัติภารกิจสำคัญในการจัดการศึกษาและดำเนินงานวิจัยด้านเภสัชศาสตร์มานานกว่าทศวรรษ โดยเปิดรับนักศึกษาระดับปริญญาตรี ตั้งแต่ปีการศึกษา 2537 เป็นต้นมา  มีบัณฑิตเภสัชศาสตร์สำเร็จการศึกษาในหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต หลักสูตร 5 ปีแล้ว 15 รุ่น รวมทั้งสิ้น 1,104 คน โดยปีการศึกษา 2557 นักศึกษาคณะเภสัชศาสตร์ รุ่นที่ 16 ซึ่งเป็นรุ่นแรกที่มีการเรียนการสอนในหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต หลักสูตร 6 ปี สำเร็จ การศึกษา ทั้งนี้ตั้งแต่ปีการศึกษา 2537-2559 คณะเภสัชศาสตร์มีบัณฑิตสำเร็จการศึกษาในหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต ทั้ง หลักสูตร 5 ปี และหลักสูตร 6 ปี รวมทั้งสิ้น 18 รุ่น จำนวน 1,349 คน ปัจจุบันมีการรับนักศึกษาในหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต (6 ปี) 2 สาขา ได้แก่ การบริบาลทางเภสัชกรรมและเภสัชกรรมอุตสาหการ จำนวนปีละประมาณ 138 คน