คณะเภสัชศาสตร์มีการแบ่งส่วนราชการเพียงส่วนเดียวคือ สำนักงานเลขานุการ แต่ในส่วนของการจัดการเรียนการสอนนั้น มีการบริหารจัดการในลักษณะของกลุ่มวิชา ซึ่งเป็นการแบ่งส่วนงานภายใน แบ่งเป็น 3 กลุ่มวิชาดังนี้

1. กลุ่มวิชาชีวเภสัชศาสตร์ (Division of Biopharmacy)
2. กลุ่มวิชาเภสัชเคมีและเทคโนโลยีเภสัชกรรม (Division of Pharmaceutical Chemistry and Technology)
3. กลุ่มวิชาเภสัชกรรมปฏิบัติ(Division of Pharmacy Practices)

สำหรับการเรียนการสอนในรายวิชาศึกษาทั่วไปและรายวิชาวิทยาศาสตร์พื้นฐานนั้น จัดการเรียนการสอนโดยคณะศิลปศาสตร์และคณะวิทยาศาสตร์ ของมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี ส่วนการฝึกปฏิบัติงานวิชาชีพนั้นจัดขึ้นในหน่วยงานที่เป็นแหล่งฝึกปฏิบัติงานด้านการผลิตเภสัชภัณฑ์และด้านการให้บริการสุขภาพและเภสัชกรรมทั้งในภาครัฐและเอกชนทั่วประเทศ