ปัจจุบัน คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี เปิดทำการเรียนการสอนในสาขาวิชา ดังต่อไปนี้

ปรัชญาการศึกษา

ปีการศึกษา 2537 เปิดหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิตเป็นหลักสูตรระดับปริญญาตรี มีระยะเวลาการศึกษาตลอดหลักสูตร 5 ปี (ภาคพิเศษ หลักสูตร 4 ปี โดยเทียบโอนรายวิชาระดับปริญญาตรีให้ 1 ปี) ผู้สำเร็จการศึกษาจะได้รับปริญญา “เภสัชศาสตรบัณฑิต (Bachelor of Pharmacy)” มีศักดิ์และสิทธิ์ในการประกอบวิชาชีพเภสัชกรรมด้านต่างๆ อาทิการดูแลสุขภาพและสวัสดิภาพการใช้ยาในผู้ป่วย ในโรงพยาบาลและร้านยาชุมชน การควบคุมการผลิตและการควบคุมคุณภาพเภสัชภัณฑ์ในโรงงานอุตสาหกรรมยา หลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิตมีจำนวนหน่วยกิตรวมทั้งสิ้น 187-188 หน่วยกิต และมีจำนวนชั่วโมงการฝึกปฏิบัติงานวิชาชีพไม่น้อยกว่า 500 ชั่วโมง หลักสูตรแบ่งเป็นสาขาเฉพาะทาง 2 สาขา ได้แก่ สาขาบริบาลเภสัชกรรม และสาขาเภสัชภัณฑ์ โดยนักศึกษาที่มีคุณสมบัติเทียบเท่านักศึกษาชั้นปีที่ 4 จะเลือกสาขาเฉพาะทางในภาคการศึกษาที่ 2 ในส่วนการฝึกปฏิบัติงานวิชาชีพนั้น นักศึกษาจะได้ไปฝึกปฏิบัติงานระหว่างที่เรียนในชั้นปีที่ 4 และ 5 ตามสถาบันและหน่วยงานซึ่งเป็นสถานฝึกปฏิบัติงานวิชาชีพของคณะเภสัชศาสตร์ทั้งในภาครัฐและเอกชน

เริ่มจากปี การศึกษา 2552 เป็นต้นไป คณะเภสัชศาสตรจะเปิดรับนักศึกษาภาคปกติ เฉพาะ หลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต (ฉบับปรับปรุง) พ.ศ. 2551 ซึ่งมีระยะเวลาการศึกษา 6 ปี หลักสูตรนี้เน้นการพัฒนานักศึกษา ให้มีความรู้ ทักษะและความเชี่ยวชาญด้านงานบริบาล เภสัชกรรม ทั้งนี้เพื่อให้สอดคล้องกับทิศทางการเปลี่ยนแปลงของวิชาชีพเภสัชกรรมใน ประเทศและสากล ซึ่งเภสัชกรได้พัฒนาบทบาทและความรับผิดชอบในงานบริบาลเภสัชกรรม คือการให้คำปรึกษาแนะนำ การวางแผน การติดตามและประเมินผล การใช้ยาของผู้ป่วย ทั้งผู้ป่วยนอกและผู้ป่วยใน โดยสามารถทำงานร่วมกับทีมสหวิชาชีพอื่น โดยเฉพาะแพทย์และ พยาบาล เพื่อให้การใช้ยาในผู้ป่วยเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพและมีความปลอดภัยสูงสุด

ปีการศึกษา 2544 คณะเภสัชศาสตร์ได้เปิดหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษา 2 หลักสูตร คือ  เภสัชศาสตรมหาบัณฑิตสาขาวิชาเภสัชกรรมคลินิกและการบริหาร และวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการบริหารบริการสุขภาพ ซึ่งเป็นหลักสูตรที่จัดการเรียนการสอนในวันเสาร์-อาทิตย์ มีมหาบัณฑิตที่สำเร็จการศึกษาแล้ว จำนวน 142 คน และในปีการศึกษา 2544 มีมหาบัณฑิตที่สำเร็จการศึกษา จำนวน 1 คน

ปีการศึกษา 2549 คณะเภสัชศาสตร์ได้เปิดหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษาเพิ่ม 3 หลักสูตร คือ เภสัชศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชภัณฑ์และผลิตภัณฑ์ธรรมชาติ วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชเคมีและผลิตภัณฑ์ธรรมชาติ และปรัชญาดุษฎีบัณฑิต  สาขาวิชาเภสัชศาสตร์ ซึ่งเป็นหลักสูตรที่จัดการเรียนการสอนแบบทวิภาค เรียนวันจันทร์-ศุกร์

ปีการศึกษา  2551  คณะเภสัชศาสตร์ได้เปิดหลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิตทางการแพทย์ทางเลือกสาขาวิชาโฮมีโอพาธีย์ สำหรับผู้สำเร็จการศึกษาปริญญาแพทยศาสตรบัณฑิต เภสัชศาสตรบัณฑิต ทันตแพทยศาสตรบัณฑิต และปริญญาตรีสาขาอื่นๆ ตามที่กรรมการประจำหลักสูตรกำหนด โดยมีแผนการจัดการเรียนการสอนแบ่งเป็น 3 ครั้งในแต่ละปีการศึกษาครั้งละ 2-3 สัปดาห์ ระยะเวลาการศึกษาตลอดหลักสูตรรวมทั้งสิ้น 6 ครั้ง เป็นเวลา 2 ปี ซึ่งในปีการศึกษา 2553 มีนักศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาสำเร็จการศึกษาแล้ว จำนวน 37 คน และได้รับอนุมัติให้ปิดหลักสูตรแล้วในปีการศึกษา 2555

ปีการศึกษา 2553 คณะเภสัชศาสตร์ได้ดำเนินการปรับปรุงหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษา ให้สอดคล้องตามกรอบมาตรฐานคุณวุฒิระดับอุดมศึกษา พ.ศ. 2552 จำนวน 1 หลักสูตร คือ หลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชศาสตร์ หลักสูตรปรับปรุง พ.ศ. 2553

ปีการศึกษา 2554 คณะเภสัชศาสตร์ ได้ดำเนินการปรับปรุงหลักสูตรระดับปริญญาตรีและระดับบัณฑิตศึกษาให้สอดคล้องตามกรอบมาตรฐานคุณวุฒิระดับอุดมศึกษา พ.ศ. 2552 จำนวน 5 หลักสูตร คือ หลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชศาสตร์ ฉบับปรับปรุง พ.ศ. 2555 หลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิตทางการแพทย์ทางเลือก สาขาวิชาโฮมีโอพาธีย์ฉบับปรับปรุง พ.ศ. 2555 หลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชภัณฑ์และผลิตภัณฑ์ธรรมชาติ หลักสูตรปรับปรุง พ.ศ. 2555 หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชเคมีและผลิตภัณฑ์ธรมชาติ หลักสูตรปรับปรุง พ.ศ. 2555 และหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการบริหารบริการสุขภาพ หลักสูตรปรับปรุง พ.ศ. 2555

ปีการศึกษา 2555 คณะเภสัชศาสตร์ ได้ดำเนินการขอปิดหลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิตทางการแพทย์ทางเลือกสาขาวิชาโฮมีโอพาธีย์ ฉบับปรับปรุง พ.ศ. 2555 ซึ่งได้รับการอนุมัติให้ปิดหลักสูตรโดยสภามหาวิทยาลัยอุบลราชธานี เมื่อการประชุมครั้งที่ 5/2556 วันที่ 30 มีนาคม 2556

ปีการศึกษา 2556 คณะเภสัชศาสตร์ ได้ดำเนินการพัฒนาหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชศาสตร์ชีวภาพหลักสูตรใหม่ พ.ศ. 2557 ซึ่งได้รับการรับทราบหลักสูตรจากสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา (สกอ.) เมื่อวันที่ 9 กรกฎาคม พ.ศ. 2557และคณะฯ ได้เสนอขอปิดหลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชภัณฑ์และผลิตภัณฑ์ธรรมชาติ ฉบับปรับปรุง พ.ศ. 2555 ซึ่งได้รับการอนุมัติให้ปิดหลักสูตรโดยสภามหาวิทยาลัยอุบลราชธานี เมื่อการประชุมครั้งที่ 6/2557 วันที่ 21 มิถุนายน 2557

ปีการศึกษา 2557 คณะเภสัชศาสตร์ได้ดำเนินการเปิดหลักสูตรใหม่ระดับบัณฑิตศึกษา จำนวน 2 หลักสูตร คือหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชศาสตร์ชีวภาพ โดยเปิดรับนักศึกษาตั้งแต่ภาคการศึกษาปลาย ปีการศึกษา 2557และหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาศาสตร์แห่งเครื่องสำอางและผลิตภัณฑ์สุขภาพ โดยจะเปิดรับนักศึกษาตั้งแต่ภาคการศึกษาปลาย ปีการศึกษา 2558 ถึงปัจจุบัน

ปีการศึกษา 2559 คณะเภสัชศาสตร์ได้ทำการปรับปรุงหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต หลักสูตรปรับปรุง พ.ศ. 2559 มีระยะเวลาการศึกษา 6 ปี ซึ่งได้แยกเป็น 2 สาขา คือ สาขาการบริบาลทางเภสัชกรรมและสาขาเภสัชกรรมอุตสาหการ โดยรับนักศึกษาตั้งแต่ปีการศึกษา 2560

ปีการศึกษา 2561 คณะเภสัชศาสตร์ได้ทำการเปิดหลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิต สาขา เภสัชกรรมคลินิก ซึ่งเป็นหลักสูตรเสาร์ อาทิตย์ โดยจะเปิดรับนักศึกษาตั้งแต่ภาคต้น ปีการศึกษา 2562