ผู้นำสูงสุดของคณะถูกเรียกว่า "เจ้าชายและอัคราจารย์" (Prince and Grand Master) ซึ่งได้รับเลือกจากที่ประชุมคณะมนตรีแห่งรัฐจากสมาชิกซึ่งมีสมณศักดิ์เป็นพระคาร์ดินัล มีวาระดำรงตำแหน่งตลอดชีพ สาเหตุที่เรียกว่าเจ้าชายก็เนื่องจากว่าตำแหน่งนี้เคยมีสถานะเป็นเจ้าชายผู้คัดเลือกของจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ ผู้นำคณะคนปัจจุบันคือ Giacomo dalla Torre del Tempio di Sanguinetto ได้รับเลือกเป็นอัคราจารย์คนที่ 80 เมื่อวันที่ 2 พฤษภาคม ค.ศ. 2018

กองบัญชาการใหญ่ของคณะตั้งอยู่ที่วังมอลตา (Palazzo Malta) กรุงโรม ประเทศอิตาลี ภายในอาคารกองบัญชาการใหญ่ได้รับสิทธิสภาพนอกอาณาเขตจากทางการอิตาลี กฎหมายอิตาลีมิอาจบังคับใช้ภายในอาคารดังกล่าว การปกครองของคณะอยู่ภายใต้ธรรมนูญกฎบัตรและประมวลกฎวินัยหมายของคณะ เขตการปกครองระดับนานาชาติแบ่งออกเป็น 6 มหาสำนัก (Grand Priory) ได้แก่: มหาสำนักโรม, มหาสำนักลอมบาร์ดีและเวนิส, มหาสำนักนาโปลีและซิซิลี, มหาสำนักโบฮีเมีย, มหาสำนักออสเตรีย และมหาสำนักอังกฤษ[2]

คณะเสนาธิปัตย์ประกอบด้วย 12 เขต, 48 สาขาประจำชาติ, 133 คณะทูต[3]