คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ ก่อตั้งเมื่อ พ.ศ. 2548 ตามมติว่าด้วยหลักการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ โดยเป็นคณะแพทยศาสตร์ลำดับที่ 18 ในจำนวนโรงเรียนแพทย์ทั่วประเทศ 20 สถาบัน และเป็นลำดับที่ 2 ในภาคใต้และคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์จึงริเริ่มจัดตั้งโรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ เพื่อเป็นโรงพยาบาลหลักในการทำการเรียนการสอนของนักศึกษาแพทย์และนักศึกษาทางด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพเป้าหมายของคณะแพทยศาสตร์ คือการผลิตบุคลากรทางการแพทย์สาขาต่าง ๆ เป็นสถาบันผลิตบัณฑิตแพทย์ที่มุ่งมั่นจะอุทิศตนเพื่อพัฒนาท้องถิ่น โดยปฏิบัติงานดูแลสุขภาพของชุมชนได้อย่างมีความสุข เพียบพร้อมด้วยคุณธรรมและจริยธรรม สามารถประยุกต์ความรู้ทางการแพทย์สากลให้ผสมผสานเข้ากับวัฒนธรรมอิสลามท้องถิ่น (Islamic Oriental Medical School) ได้เป็นอย่างดี[1]